图文并茂的PCA教程

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图文并茂的PCA教程

2023-08-11 10:41| 来源: 网络整理| 查看: 265

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参考:PCA数学原理、维基百科 PCA——主成分分析 简介

PCA全称Principal Component Analysis,即主成分分析,是一种常用的数据降维方法。它可以通过线性变换将原始数据变换为一组各维度线性无关的表示,以此来提取数据的主要线性分量。 z = w T x z = w^Tx z=wTx   其中,z为低维矩阵,x为高维矩阵,w为两者之间的映射关系。假如我们有二维数据(原始数据有两个特征轴——特征1和特征2)如下图所示,样本点分布为斜45°的蓝色椭圆区域。PCA算法认为斜45°为主要线性分量,与之正交的虚线是次要线性分量(应当舍去以达到降维的目的)。 二维数据的PCA降维 划重点:

线性变换=>新特征轴可由原始特征轴线性变换表征线性无关=>构建的特征轴是正交的主要线性分量(或者说是主成分)=>方差加大的方向PCA算法的求解就是找到主要线性分量及其表征方式的过程

相应的,PCA解释方差并对离群点很敏感:少量原远离中心的点对方差有很大的影响,从而也对特征向量有很大的影响。

线性变换

一个矩阵与一个列向量A相乘,等到一个新的列向量B,则称该矩阵为列向量A到列向量B的线性变换。

我们希望投影后投影值尽可能分散,而这种分散程度,可以用数学上的方差来表述。 V a r ( a ) = 1 m ∑ i = 1 m ( a i − μ ) 2 Var(a) = \frac 1m \sum_{i=1}^m(a_i - \mu)^2 Var(a)=m1​i=1∑m​(ai​−μ)2即寻找一个一维基,使得所有数据变换为这个基上的坐标表示后,方差值最大。

解释:方差越大,说明数据越分散。通常认为,数据的某个特征维度上数据越分散,该特征越重要。

对于更高维度,还有一个问题需要解决,考虑三维降到二维问题。与之前相同,首先我们希望找到一个方向使得投影后方差最大,这样就完成了第一个方向的选择,继而我们选择第二个投影方向。如果我们还是单纯只选择方差最大的方向,很明显,这个方向与第一个方向应该是“几乎重合在一起”,显然这样的维度是没有用的,因此,应该有其他约束条件——就是正交

解释:从直观上说,让两个字段尽可能表示更多的原始信息,我们是不希望它们之间存在(线性)相关性的,因为相关性意味着两个字段不是完全独立,必然存在重复表示的信息。 字段在本文中指,降维后的样本的特征轴

数学上可以用两个字段的协方差表示其相关性: C o v ( a , b ) = 1 m ∑ i = 1 m ( a i − μ a ) ( b i − μ b ) Cov(a, b) = \frac 1m \sum_{i=1}^m (a_i - \mu_a)(b_i - \mu_b) Cov(a,b)=m1​i=1∑m​(ai​−μa​)(bi​−μb​)当协方差为0时,表示两个字段线性不相关。

总结一下,PCA的优化目标是: 将一组N维向量降为K维(K大于0,小于N),其目标是选择K个单位正交基,使得原始数据变换到这组基上后,各字段两两间协方差为0,而字段的方差则尽可能大。

所以现在的重点是方差和协方差

协方差

在统计学上,协方差用来刻画两个随机变量之间的相关性,反映的是变量之间的二阶统计特性。考虑两个随机变量 X i X_i Xi​和 X j X_j Xj​,它们的协方差定义为 c o v ( X i , X j ) = E [ ( X i − E ( X i ) ) ( X j − E ( X j ) ) ] cov(X_i, X_j) = E[(X_i - E(X_i))(X_j - E(X_j))] cov(Xi​,Xj​)=E[(Xi​−E(Xi​))(Xj​−E(Xj​))]

tips:独立,不相关与协方差为零三者的关系 只讨论离散型随机变量的情形。 独立:随机变量 ξ , η \xi ,\eta ξ,η独立是指对于任意的常数a,b,都有 P ( ξ = a , η = b ) = P ( ξ = a ) ⋅ P ( η = b ) P(\xi = a, \eta = b) = P(\xi = a) \cdot P(\eta = b) P(ξ=a,η=b)=P(ξ=a)⋅P(η=b). 相关性,相关系数 ρ ξ η = c o v ( ξ , η ) v a r ( ξ ) v a r ( η ) \rho _{\xi \eta } = \frac {cov(\xi, \eta)}{\sqrt{var(\xi)} \sqrt{var(\eta)}} ρξη​=var(ξ) ​var(η) ​cov(ξ,η)​ 相关系数其实是“线性相关系数” 相关系数和协方差在描述相关性方面是等价的,但独立与相关性的关系是:

**独立=>不相关**

协方差矩阵: 假设有m个变量,特征维度为2, a 1 a_1 a1​表示变量1的a特征。那么构成的数据集矩阵为: X = ( a 1 a 2 . . . a m b 1 b 2 . . . b m ) X=\begin{pmatrix} a_1 ; a_2 ;...; a_m\\ b_1 ; b_2 ;...;b_m \end{pmatrix} X=(a1​b1​​a2​b2​​......​am​bm​​)

再假设它们的均值都是0,对于有两个均值为0的m维向量组成的向量组, 1 m X X T = ( 1 m ∑ i = 1 m a i 2 1 m ∑ i = 1 m a i b i 1 m ∑ i = 1 m a i b i 1 m ∑ i = 1 m b i 2 ) \frac 1mXX^T=\begin{pmatrix} \frac 1m \sum_{i=1}^m a_i^2 ; \frac 1m \sum_{i=1}^m a_ib_i\\ \frac 1m \sum_{i=1}^m a_ib_i ; \frac 1m \sum_{i=1}^m b_i^2 \end{pmatrix} m1​XXT=(m1​∑i=1m​ai2​m1​∑i=1m​ai​bi​​m1​∑i=1m​ai​bi​m1​∑i=1m​bi2​​)

可以发现对角线上的元素是两个字段的方差,其他元素是两个字段的协方差,两者都被统一到了一个矩阵——协方差矩阵中。

回顾一下前面所说的PCA算法的目标:方差max,协方差min!!

要达到PCA降维目的,等价于将协方差矩阵对角化:即除对角线外的其他元素化为0,并且在对角线上将元素按大小从上到下排列,这样我们就达到了优化目的。

设原始数据矩阵X对应的协方差矩阵为C,而P是一组基按行组成的矩阵,设Y=PX,则Y为X对P做基变换后的数据。设Y的协方差矩阵为D,我们推导一下D与C的关系: D = 1 m Y Y T = 1 m ( P X ) ( P X ) T = 1 m P X X T P T = P ( 1 m X X T ) P T = P C P T D = \frac 1m YY^T = \frac 1m (PX)(PX)^T = \frac 1m PXX^TP^T = P(\frac 1m XX^T)P^T = PCP^T D=m1​YYT=m1​(PX)(PX)T=m1​PXXTPT=P(m1​XXT)PT=PCPT

解释:想让原始数据集X =>pca成数据集Y,使得Y的协方差矩阵是个对角矩阵。 有上述推导可得,若有矩阵P能使X的协方差矩阵对角化,则P就是我们要找的PCA变换。

优化目标变成了寻找一个矩阵 P P P,满足 P C P T PCP^T PCPT是一个对角矩阵,并且对角元素按从大到小依次排列,那么 P P P的前 K K K行就是要寻找的基,用 P P P的前 K K K行组成的矩阵乘以 X X X就使得 X X X从 N N N维降到了 K K K维并满足上述优化条件。

矩阵对角化

首先,原始数据矩阵X的协方差矩阵C是一个实对称矩阵,它有特殊的数学性质:

实对称矩阵不同特征值对应的特征向量必然正交。设特征值 λ \lambda λ重数为r,则必然存在r个线性无关的特征向量对应于 λ \lambda λ,因此可以将这r个特征向量单位正交化。

一个n行n列的实对称矩阵一定可以找到n个单位正交特征向量,设这n个特征向量为 e 1 , e 2 , . . . , e n e_1, e_2, ..., e_n e1​,e2​,...,en​,我们将其按列组成矩阵: E = ( e 1   e 2   . . .   e n ) E = (e_1 \ e_2 \ ... \ e_n) E=(e1​ e2​ ... en​) 则对协方差矩阵C有如下结论: E T C E = Λ = ( λ 1 λ 2 . . . λ n ) E^TCE = \Lambda = \begin{pmatrix} \lambda_1 ; ; ; \\ ;\lambda_2 ; ; \\ ; ;... ; \\ ; ; ;\lambda_n \end{pmatrix} ETCE=Λ=⎝⎜⎜⎛​λ1​​λ2​​...​λn​​⎠⎟⎟⎞​这里不懂的朋友可以查阅线性代数相关书籍。 P = E T P = E^T P=ET

P是协方差矩阵的特征向量单位化后按行排列出的矩阵,其中每一行都是C的一个特征向量。如果设P按照中特征值的从大到小,将特征向量从上到下排列,则用P的前K行组成的矩阵乘以原始数据矩阵X,就得到了我们需要的降维后的数据矩阵Y。

在解释一下,特征值 λ \lambda λ为什么要从大到小排列,为什么要选较大的 λ \lambda λ??? 因为我们协方差矩阵的对角线元素是方差,我们想要找方差交大的特征维度,所以要选择较大的对角线元素。 而对角矩阵 Λ \Lambda Λ虽然是C经过线性变化后的矩阵,但它在对角线上元素的大小关系没变,特征维度 i i i对应的特征值 λ i \lambda_i λi​越大,该维度上数据的方差越大。

另一种解释思路

该思路基于拉格朗日问题的求解方法。 回到一开始, z = w T x z=w^Tx z=wTx。其中,最主要的成分是这样的 w 1 w_1 w1​,样本投影到 w 1 w_1 w1​上之后最分散,使得样本点之间的差别变得最明显。为了得到唯一解且是该方向成为最重要的因素,我们要求 ∣ ∣ w 1 ∣ ∣ = 1 ||w_1|| = 1 ∣∣w1​∣∣=1. 如果 z 1 = w 1 T x z_1={w_1}^Tx z1​=w1​Tx且 C o v ( x ) = ∑ Cov(x)=\sum Cov(x)=∑,则 V a r ( z 1 ) = E [ ( w T x − w T μ ) 2 ] = w 1 t ∑ w 1 Var(z_1) =E[(w^Tx - w^T\mu)^2] = {w_1}^t\sum w_1 Var(z1​)=E[(wTx−wTμ)2]=w1​t∑w1​ 寻找 w 1 w_1 w1​,使得 w 1 w_1 w1​在约束下最大化。将这写成拉格朗日问题,则有: max ⁡ w 1 w 1 T ∑ w 1 − α ( w 1 T w 1 − 1 ) \max_{w_1}{w_1}^T\sum w_1 - \alpha(w_1^Tw_1 - 1) w1​max​w1​T∑w1​−α(w1T​w1​−1) 关于 w 1 w_1 w1​求导并让它等于0,有: 2 ∑ w 1 − 2 α w 1 = 0 2\sum w_1 - 2\alpha w_1 = 0 2∑w1​−2αw1​=0 因此, ∑ w 1 = α w 1 \sum w_1 = \alpha w_1 ∑w1​=αw1​ 如果 w 1 w_1 w1​是协方差矩阵 ∑ \sum ∑的特征向量,a是对应的特征值,则上式成立。因为我们想最大化 V a r ( z 1 ) = w 1 T ∑ w 1 = α w 1 T w 1 = α Var(z_1) = w_1^T \sum w_1 = \alpha w_1^Tw_1 = \alpha Var(z1​)=w1T​∑w1​=αw1T​w1​=α 所以为了方差最大,我们选择具有最大特征值的特征向量。因此,主成分是输入样本的协方差矩阵的具有最大特征值 λ 1 = α \lambda_1 = \alpha λ1​=α的特征向量。 第二个主成分 w 2 w_2 w2​也应该是最大化方差,具有单位长度,并且与 w 1 w_1 w1​正交。后一个要求是使得投影后 z 2 = w 2 T x z_2=w_2^Tx z2​=w2T​x与 z 1 z_1 z1​不相关。对于第二个主成分,有 max ⁡ w 2 w 2 T ∑ w 2 − α ( w 2 T w 2 − 1 ) − β ( w 2 T w 1 − 0 ) \max_{w_2} w_2^T \sum w_2 - \alpha(w_2^Tw_2 - 1) - \beta(w_2^Tw_1 - 0) w2​max​w2T​∑w2​−α(w2T​w2​−1)−β(w2T​w1​−0) 最后,该式简化为 ∑ w 2 = α w 2 \sum w_2 = \alpha w_2 ∑w2​=αw2​,这表明 w 2 w_2 w2​应该是 ∑ \sum ∑的具有第二大特征值 λ 2 = α \lambda_2=\alpha λ2​=α的特征向量。类次的,我们可以证明其他维被具有递减特征值的特征向量给出。

算法及实例 PCA算法

总结一下PCA的算法步骤: 设有n条m维数据。

将原始数据按列组成m行n列矩阵X将X的每一行(代表一个属性字段)进行零均值化求出协方差矩阵 C = 1 m X X T C = \frac 1m XX^T C=m1​XXT求出协方差矩阵的特征值及对应的特征向量将特征相浪按对应特征值大小从上到下按行排列成矩阵,取前k行组成矩阵P Y = P X Y = PX Y=PX即为降维到k维后的数据

关于PCA的python实现代码可以参考这里,不过ipynb文件可能在github上刷不出来,建议下载下来用jupyter notebook打开。

实例

原始数据集矩阵X: ( 1 1 2 4 2 1 3 3 4 4 ) \begin{pmatrix} 1 ; 1 ; 2 ; 4 ; 2 \\ 1 ; 3 ; 3 ; 4 ; 4 \end{pmatrix} (11​13​23​44​24​)

求均值后: ( − 1 − 1 0 2 0 − 2 0 0 1 1 ) \begin{pmatrix} -1 ; -1 ; 0 ; 2 ; 0 \\ -2 ; 0 ; 0 ; 1 ; 1 \end{pmatrix} (−1−2​−10​00​21​01​)

再求协方差矩阵 C = 1 5 ( − 1 − 1 0 2 0 − 2 0 0 1 1 ) ⋅ ( − 1 − 2 − 1 0 0 0 2 1 0 1 ) = ( 6 5 4 5 4 5 6 5 ) C = \frac 15 \begin{pmatrix} -1 ; -1 ; 0 ; 2 ; 0 \\ -2 ; 0 ; 0 ; 1 ; 1 \end{pmatrix} \cdot \begin{pmatrix} -1 ;-2 \\ -1 ;0 \\ 0 ;0 \\ 2 ;1 \\ 0 ;1 \end{pmatrix} = \begin{pmatrix} \frac65 ;\frac45 \\ \frac45 ;\frac65 \end{pmatrix} C=51​(−1−2​−10​00​21​01​)⋅⎝⎜⎜⎜⎜⎛​−1−1020​−20011​⎠⎟⎟⎟⎟⎞​=(56​54​​54​56​​)

特征值: λ 1 = 2 , λ 2 = 2 5 \lambda_1 = 2, \lambda_2 = \frac 25 λ1​=2,λ2​=52​

对应的特征向量: c 1 ( 1 2 1 2 ) , c 1 ( − 1 2 1 2 ) c1\begin{pmatrix} \frac 1{\sqrt 2}\\ \frac 1{\sqrt 2} \end{pmatrix}, c1\begin{pmatrix} -\frac 1{\sqrt 2}\\ \frac 1{\sqrt 2} \end{pmatrix} c1(2 ​1​2 ​1​​),c1(−2 ​1​2 ​1​​)

标准化(其实不标准化也一样,只是稍显不专业) P = ( 1 2 1 2 − 1 2 1 2 ) P = \begin{pmatrix} \frac 1{\sqrt 2} ;\frac 1{\sqrt 2} \\ -\frac 1{\sqrt 2} ;\frac 1{\sqrt 2} \end{pmatrix} P=(2 ​1​−2 ​1​​2 ​1​2 ​1​​)

选择较大特征值对应的特征向量: ( 1 2 1 2 ) \begin{pmatrix} \frac 1{\sqrt 2} ;\frac 1{\sqrt 2} \end{pmatrix} (2 ​1​​2 ​1​​)

执行PCA变换:Y=PX,得到的Y就是PCA降维后的值数据集矩阵: Y = ( 1 2 1 2 ) ⋅ ( − 1 − 1 0 2 0 − 2 0 0 1 1 ) = ( − 3 2 − 1 2 0 3 2 1 2 ) Y = \begin{pmatrix} \frac 1{\sqrt 2} ;\frac 1{\sqrt 2} \end{pmatrix} \cdot \begin{pmatrix} -1 ; -1 ; 0 ; 2 ; 0 \\ -2 ; 0 ; 0 ; 1 ; 1 \end{pmatrix} = \begin{pmatrix} -\frac 3 {\sqrt 2} ; -\frac 1 {\sqrt 2} ; 0 ; \frac 3 {\sqrt 2} ; \frac 1 {\sqrt 2}\end{pmatrix} Y=(2 ​1​​2 ​1​​)⋅(−1−2​−10​00​21​01​)=(−2 ​3​​−2 ​1​​0​2 ​3​​2 ​1​​)

降维过程的示意图

降维投影结果

进一步讨论

根据上面对PCA的数学原理的解释,我们可以了解到一些PCA的能力和限制。PCA本质上是将方差最大的方向作为主要特征,并且在各个正交方向上将数据“离相关”,也就是让它们在不同正交方向上没有相关性。

因此,PCA也存在一些限制,例如它可以很好的解除线性相关,但是对于高阶相关性就没有办法了,对于存在高阶相关性的数据,可以考虑Kernel PCA,通过Kernel函数将非线性相关转为线性相关,关于这点就不展开讨论了。另外,PCA假设数据各主特征是分布在正交方向上,如果在非正交方向上存在几个方差较大的方向,PCA的效果就大打折扣了。

最后需要说明的是,PCA是一种无参数技术,也就是说面对同样的数据,如果不考虑清洗,谁来做结果都一样,没有主观参数的介入,所以PCA便于通用实现,但是本身无法个性化的优化。



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