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OPLS全原子力场在lammps中的使用
opls_aa力场定义
OPLS是optimized potentials for liquid simulations,适用于液体体系。和其他势能函数一样,opls_aa势能函数包括键结作用和非键相互作用。键结作用包括harmonics键长和键角势能,Fourier扭矩势能,非键相互作用包括LJ势和Coulomb势[1]。力场表达式如下: 其中,LJ对相互作用采用混合法则采用标准混合法则,比如LB。lammps计算时注意扭矩表达式(3)中的系数1/2不包含在系数K中。 lammps中opls_aa力场的应用lammps中harmonics键长/键角势能,Fourier扭矩势能,LJ势和Coulomb势均有相应的命令与之对应。所以,opls_aa在lammps中采用如下指令处理: atom_style full bond_style harmonic angle_style harmonic dihedral_style opls pair_style lj/cut/coul/long pair_modify mix geometric special_bonds lj/coul 0.0 0.0 0.5采用以上命令组合时填入合适的系数即可。注意,全原子力场中1-2 1-3非键相互作用相对键长键角势能可忽略不计,1-4非键相互作用与二面角势能在一个数量级,这里考虑将之乘以0.5。不同力场的special_bonds设置不同。improper看所给的力场中是什么形式,harmonic或者cvff均有可能。 参考文献 [1] Watkins and Jorgensen, J Phys Chem A, 105, 4118-4125 (2001) |
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