估算lammps模拟时间的一个小技巧 |
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大家好,我是小马老师。 本文介绍关于估算lammps运算时间的一个小技巧。 lammps计算时间与原子数量和势函数有关,同一个模拟体系,不同的势函数计算时间不同,但影响更大的是原子数量。 几百或者几千个原子,可能几分钟就能算完,百万个原子可能需要几天,甚至几十天。 曾经遇到一个比较夸张的案例,需要300多天才能运算完。 有些同学可能为了追求和实验数据相吻合,希望把模型做的大一些,模型尺寸设置到微米级别。 辛辛苦苦建好模型,提交运算久久不出结果,说不定毕业证都到手了还没算出结果。 因此,能够相对准确的估算lammps计算时间还是比较重要的。 今天就教大家一个技巧,能够在短时间内计算出lammps模拟总时间。 方法比较简单,in文件写好后,设置一个比较小的运行步数,比如只运行10步。 运行完成后,打开log文件,找到下面一段话: 这句话给出了当前配置下对这个模型的算力: 0.873 ns/day:服务器运算1天能够计算的模拟时间为0.873ns 27.488 hours/ns:模拟1ns需要的实际时间是27.488小时 10.105 timesteps/s:1s可以计算10.105步 通过以上信息,基本可以估算出lammp模拟时间。 比如,1s大体运算10步,模拟100万步需要10万秒,大约27.8小时。 在模拟中,可能不同的语句设置因算法不同略有差异,但算出来的总时间应该是在一个数量级上。 在模拟比较大的体系之前,用这个方法估算一下大体时间,做到心中有数,提前做好规划,少走弯路。 公众号:lammps加油站 |
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