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1. 我想用学校的超算集群做计算,从哪里开始? 请访问超算中心网站:hpc.。简单来讲分为如下几个步骤:1)申请账号;2)安装登录软件;3)准备数据;4)提交作业 2. 如何向集群上传和下载文件? 1)安装xshell软件;2)安装xftp软件;3)在xshell中登录集群后,在快捷菜单中打开xftp软件进行文件的上传和下载。 3. 如何在本地计算机上安装Matlab? 请访问超算中心网站中的超算资源页面,其中商业软件列表中有Matlab安装方法信息。 4. pbs脚本里面有哪些内容? 主要是申请资源的语句和运行程序的语句,下面是简单示例: #PBS -N hello #PBS -l nodes=4:ppn=8 (资源:4个节点,每个节点8核,这里最多20核) #PBS -j oe #PBS -q blades (队列) #PBS -l walltime=72:0:0 (时长) …… MPIRUN="mpiexec.hydra -np $NPROCS -ppn $PPROCS -f $PBS_O_WORKDIR/hostfile " JOBCMD="./hello" { time $MPIRUN $JOBCMD; } >$PBS_O_WORKDIR/output_$JOBID.log 2>&1 …… 5. 我的计算程序在台式机和笔记本上运行很慢,在超算集群上运行是不是就会加快? 简单的结论是不一定,需要具体问题具体分析。串行程序加速效果不会明显,并行程序如果可以多核并行,性能可能会有所提升。 6. 怎么向超算集群上提交作业? 首先写一个作业脚本(如myjob.pbs),脚本基本内容参考问题4。然后使用qsub myjob命令提交。 7. 我原来都是在windows上操作软件,不会用Linux,我现在想学习一些基本的Linux操作,满足超算上机需要,应该学哪些内容? 首先了解一下Linux的目录结构,Linux的目录以树形组织。 其次学习几个常用的Linux命令,主要是: pwd –查看当前所在目录 cd –改变目录 cp –复制文件 rm -删除文件 mv –文件重命名 mkdir –创建目录 最后学习作业管理相关的命令: qsub –提交作业 qdel –删除作业 qstat –查看作业状态 8. 哪里能找到培训课件? 超算中心网站:hpc.,用户培训版块下面有培训资料和课件。 9. 我想在自己的用户目录下安装程序,可以吗? 可以。 10. 我在安装程序时遇到问题了,从哪里能获得帮助? 先用好搜索引擎,bing的国际版是首选,中文材料baidu也不错。然后可以在凌云超算用户群(QQ: 274328200)里提出问题,群里有经验的老师或同学可以给与解答。最后可以联系超算中心的老师帮助解决。 11. 我在哪里能找到更多的pbs脚本示例? 超算集群的/public/software/pbs_examples/目录下对应各种软件的pbs文件供参考。 12. 编译开源软件时有时会遇到类似问题,undefined reference to `****',怎么解决? 这种编译错误的原因是代码中用到的函数没有找到定义,一般的解决方法是在编译时指定对应函数实现的库,至于需要哪些库则根据错误提示利用搜索引擎进行查询。 13. 超算上的编译器如何使用? 编译器安装路径为:/public/software/compiler/,其中包括intel,gcc, pgi, cuda编译器。编译器的环境变量脚本在/public/software/profile.d/目录下,比如如果要使用Intel 2017版的编译器,则使用下面语句设定环境变量。 source /public/software/profile.d/compiler_intel-composer_xe_2017.u1.sh 14. 我校购买的正版软件都包含哪些模块,我想确认一下我要使用的模块是否包含在内? 在超算中心主页->超算资源->商业软件页面下面有各个正版软件包含的模块一览,从中可以确认要使用的模块是否购买。 15. 如何查询计算账单? 请到计费系统中查询,网址是。 16. 超算怎么收费? 简单来说,常用的刀片节点的收费标准是0.05元/核/时。 详细来说,每种计算类型的节点收费标准各不相同,刀片节点按时计费,胖节点可以按时计费或租用计费,GPU/MIC节点按租期计费。具体的收费方法请参考《大连理工大学高性能计算服务收费标准》。 17. 我的程序在运行中出现“segmentation fault”或类似意外错误而退出,该如何解决? “segmentation fault”是由于程序代码访问内存异常造成,常见于C/C++程序代码中使用指针或数组访存操作。有些是访问了已经释放的内存,有些是访问了未经申请的内存,有些是数组越界访问,有些是使用的库版本不兼容,等等,原因各不相同。 一般的解决方法是,如果有源代码,则使用调试工具进行单步跟踪调试,逐步定位访存异常的代码,并逐步回溯,直到找到出现错误的原因。如果没有源代码,则需要使用内核转储的分析工具对转储文件进行分析,分析工具的具体使用方法可到网上查找。 18. 我想申请超算账号,在哪里可以申请? 教师在校园门户(portal.)办事大厅使用“超算账号申请”服务进行超算平台用户账号的申请。 19. 是否有上机试用相关政策?? 自2021年5月1日起,新开账号有2000核时的试用机时,入账于“奖励机时”,按奖励机时相关规则管理和使用。 20. 我可以在超算上自行安装程序吗? 超算用户可以在自己目录下安装程序。 21. 运行qsub命令后出现如下提示:qsub: submit error(Queue is not enabled MSG=queue is disabled: user testuser@login1, queue single),是什么原因? 这是因为此时single队列尚未启动,不能向该队列中提交任务,请向其他队列提交任务。 22. 运行qsub命令后出现如下提示:qsub: submit error(Unauthorized Request MSG=user ACL rejected the submitting user: user testuser@login1, queue single),是什么原因? 这是因为testuser用户没有向single队列提交任务的权限,请向其他队列提交任务。如果需要向该队列提交任务,请与超算部联系增加权限。 23. 运行qsub命令后出现如下提示: qsub: script is written in DOS/Windows text format,怎样解决? 这是因为pbs脚本文件需要unix格式,而当前的文件格式是windows格式,需要在集群上运行dos2unix命令进行转换。
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