在用MrModeltest2得到最佳模型后就可以用于建树了，打开输出的文件，直接去搜索寻找生成的Bayes进化模型选择的命令模块。

上课给了我们Bayes初级的较简单的脚本，将上面得到的进化模型模块替换脚本内对应内容就可以直接用了。

MrBayes下载（http://nbisweden.github.io/MrBayes/download.html），解压后直接到bin文件夹目录里找到mb.3.2.7-win64.exe，点开就能出现Bayes的命令提示符框。

MrBayes喂进去的是 .nex文件，也就是之前提到的PAUP使用的文件格式，但是将mega生成的 .nex 文件喂进去会报错，因为mega生成的文件里面的内容不符合MrBayes处理所需的格式，需要进行标准化调整。这一步研究了半天，按照标准手动修改内容可以达到目的，后来还是去请教了一下老师，用DAMBE这个软件来输出 .nex 文件是最方便快捷的。

先来讲一下DAMBE标准化数据的方式，后面再详细解释。DAMBE下载（https://www.softpedia.com/get/Science-CAD/DAMBE.shtml），安装的时候会提示该软件发布者不详，存在隐患，我就直接忽略了，坚持安装，然后运行软件。

打开之前比对调整好的 .fas文件

接着将其保存为 .NEX 文件

然后可以比对一下mega输出的文件跟DAMBE输出的有什么不同。先看一下mega的，用Notepad++打开查看。

将其导入PAUP进行再次输出为test.nex 再看看，会看到有变化，但是依旧不能直接用于MrBayes的运算。

再来看一下能够直接喂给MrBayes的文件（DAMBE输出的）。

主要的变化框出来了，不再有begin taxa 和taxlabels 了，begin  data替换了begin characters， datatype变化 ， missing替换了gap。

如果不想多下乱七八糟的软件可以手动修改内容，最重要的修改是以下几点：

begin  taxa和 begin characters删掉，以 Begin data 为起始。

taxlabels删掉（其实不删似乎也没有影响）

datatype=nucleotide会无法识别数据类型，改为datatype=DNA，gap改不改成missing好像没有影响。

将最上面Bayes脚本（替换了进化模型选择模块的）复制粘贴到 filename.nex(.NEX) 的文末，保存，将文件放在MrBayes运行文件的同一目录下，输入

也可以不把Bayes脚本放在filename.nex中，运行上面这条命令加载了数据湖，再输入脚本里的命令内容也行，一样的。

Bayes法运算量较大，耗时还是挺长的。

然后可以用TreeView或者其他的软件来查看编辑得到的树 filename.NEX.con.tre 

贝叶斯运算量比较大，电脑容易跑断，可以在mcmc命令中加入checkfreq=n (n为保存断点间隔的代数）参数即可保存断点；下次从断点继续运算时，在mcmc  那行命令中加入append=yes参数即可。