四、在af中使用pymol（一）conda下的pymol安装和创建桌面图标

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四、在af中使用pymol（一）conda下的pymol安装和创建桌面图标

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（一）conda下的pymol安装

1、linux下的安装

配置环境

source /appsnew/source/Anaconda3-2022.05-local.sh

创建虚拟环境

conda create -n yourpymol2.5

激活虚拟环境

conda activate yourpymol2.5

注意，我们在系统里使用了 alphafold2.3的虚拟环境，所以后面使用conda activate alphafold2.3，里面含有pymol2.5

安装pymol2.5版本

conda install -c schrodinger -c conda-forge pymol

或安装pymol2.4等版本

conda install -c schrodinger pymol-bundle

退出虚拟环境：

conda deactivate

第一次退出yourpymol2.5；第二次退出 Anaconda3

原文：https://pymol.org/conda/

PyMOL 2.5 and later

(Updated August 20, 2021)

Since PyMOL 2.5, our pymol conda packages are based on conda-forge. The following command will install PyMOL on Windows, macOS or Linux into a conda environment:

conda install -c conda-forge -c schrodinger pymol-bundlemacOS Specifics

On macOS, you need this command in addition:

pip install PyQt5Previous versions

For PyMOL 2.0 to 2.4, this command should be sufficient:

conda install -c schrodinger pymol

2、安装桌面图标

1）激活环境

[chen@login29 ~]# source /appsnew/source/Anaconda3-2022.05-local.sh(base)[chen@login29 ~]$conda activate pymol2.5(pymol2.5)

2）查找pymol 图标文件

(base)[chen@login29 ~]$conda activate pymol2.5 (pymol2.5) which pymol/appsnew/usr/python/Anaconda3-local/envs/pymol2.5/bin/pymol(pymol2.5) find /appsnew/usr/python/Anaconda3-local/envs/pymol2.5/ -iname *png/appsnew/usr/python/Anaconda3-local/envs/pymol2.5/lib/tk8.6/demos/images/earthmenu.png/appsnew/usr/python/Anaconda3-local/envs/pymol2.5/lib/tk8.6/demos/images/ouster.png/appsnew/usr/python/Anaconda3-local/envs/pymol2.5/lib/python3.8/idlelib/Icons/idle_16.png/appsnew/usr/python/Anaconda3-local/envs/pymol2.5/lib/python3.8/idlelib/Icons/idle_256.png/appsnew/usr/python/Anaconda3-local/envs/pymol2.5/lib/python3.8/idlelib/Icons/idle_32.png/appsnew/usr/python/Anaconda3-local/envs/pymol2.5/lib/python3.8/idlelib/Icons/idle_48.png/appsnew/usr/python/Anaconda3-local/envs/pymol2.5/share/pymol/data/openvr/hints_vive_controller.png/appsnew/usr/python/Anaconda3-local/envs/pymol2.5/share/pymol/data/openvr/menu_splash.png/appsnew/usr/python/Anaconda3-local/envs/pymol2.5/share/pymol/data/pymol/icons/icon2_128x128.png/appsnew/usr/python/Anaconda3-local/envs/pymol2.5/share/pymol/data/pymol/icons/icon2_16x16.png/appsnew/usr/python/Anaconda3-local/envs/pymol2.5/share/pymol/data/pymol/icons/icon2_32x32.png

3）将上面查找的结果，填入红色字体部分

chen@login29 ~]# vi ~/桌面/pymol2.5.desktop[Desktop Entry]Type=ApplicationGenericName=pymolComment=ThunderbirdMail:The Language of Technical ComputingExec=/appsnew/usr/python/Anaconda3-local/envs/pymol2.5/bin/pymolIcon=/appsnew/usr/python/Anaconda3-local/envs/pymol2.5/share/pymol/data/pymol/icons/icon2_128x128.pngTerminal=falseCategories=GNOME;GTK;Graphics;Scanning;Name=pymolName[zh_CN.UTF-8]=pymol结构软件

Name字段分别对应的只英文和中文

4）点击桌面图标：

5）激活：

获取激活码：https://pymol.org/edu/index.php

北极星集群激活文件在：/appsnew/mdapps/pymo.lic 注意禁止拷贝，禁止使用在商业或者其它盈利活动中

选择激活文件

激活成功如下图，使用日期到2023年12月1日

如果需要创建公共图标，参考以下链接：

http://211.103.179.18:8085/clshpc/quession/shownews.php?id=131

http://211.103.179.18:8085/clshpc/quession/shownews.php?id=129

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