我看你是3月14号提的问题，现在还在邀请我回答，是问题还没有解决吗？

正常从E. Coli提取出的质粒会有三种形态：超螺旋、线状和开环。其中，线状质粒的条带会出现在凝胶上质粒理论大小的地方。超螺旋比线状靠前，开环比线状靠后。我上一个图：

这个质粒的大小为7.3kb，所以左起第二泳道中最亮的条带是超螺旋，大概在4.5kb左右；上面一条是线状质粒，正好位于7kb左右，与单酶切后的条带位置相同（左起第四、第五泳道）；最上面的一条是开环质粒，大于15kb了。

对于你的凝胶电泳，我首先的判断是，你用的是100bp-3kb的marker。你的marker选择就不对，跑完整质粒需要用到最大指示25kb的marker。你可以看到，最上面两条条带已经跑到marker能够指示的范围以外了。

其次，我认为你的DNA上样量太大了，造成条带拖尾。跑质粒的凝胶电泳，我们只要上样100ng就可以了。如果你对质粒浓度定过量，就可以估算出你到底上了多少样。

最后，也是你最关心的，我认为从上往下第二条条带应该是你的超螺旋质粒，也是你需要用在后续实验里的产物。最上面的那条暗淡的条带，应该是线状质粒和开环质粒没跑开。因为质粒一般会大于3kb，那么3kb处的可能是超螺旋质粒。

我不认为500bp处、最亮的那一大坨是RNA，否则你的A260/A280不会是1.79。你应该是提取质粒时动作过于粗暴，产生了许多DNA碎片。这些DNA碎片不但影响你的DNA定量结果，而且也对后续的实验有不利影响。你需要改进你的质粒提取操作。质粒小提试剂盒也不贵，还是别省这个钱。

以上。