目前有多种RNA制备技术可供使用，一般可归纳为四种通用技术：有机试剂萃取方法，离心柱法、磁珠法和直接裂解方法。虽然这几种方法都可以用于制备高质量RNA以用于多种分析技术，不过在选择合适的纯化方法时还是有几点需要注意。

样品是否特别难处理？

需要处理多少样品？

需要什么样的通量？

有机试剂萃取方法被认为是RNA制备中的金标准。在纯化过程中，样品在含有苯酚的溶液中进行了均质化然后离心。在离心过程中，样品会分为三层：下部的有机相，中层含有变性蛋白质及gDNA，而上层水相则含有RNA。然后将上层水相分离出来并通过乙醇沉淀及再溶解来获得RNA。

有机试剂萃取法的优势

有机试剂萃取法的缺点

基于滤膜的离心柱法使用了底部安置有膜（通常为玻璃纤维，硅衍生物或者离子交换膜）的离心柱。使用含RNase抑制剂（通常为胍盐）的缓冲液来裂解样品，然后利用离心力使裂解物通过膜来让核酸结合在膜上。随后使用清洗缓冲液来清洗膜然后丢弃缓冲液。接下来使用恰当的洗脱缓冲液通过离心的方式将样品洗脱下来并收集到管中。有些方法可以使用离心或者真空抽吸的方式来进行处理，后者需要使用特殊的收集系统。另外还有一些混合方法结合了有机试剂萃取的效率及离心柱法可以简单地完成样品收集、清洗、洗脱等步骤的优点。

离心柱法的优点

离心柱法的缺点

磁珠法所采用的小颗粒（0.5–1 µm）具有一个顺磁的核心，其外壳经过修饰可以和特定目标分子结合。磁珠在磁场中时会随着磁场而移动，但在移除磁场后几乎不保留磁力。这使得这些磁珠基于它们表面的修饰可以与感兴趣的分子相互作用，然后通过外源磁场快速地对它们进行收集，之后移除磁场并对磁珠进行重悬。对样品首先使用含RNase抑制剂的溶液进行裂解，然后与磁珠结合。再通过施加磁场将磁珠及其上结合的分子一起收集起来。通过数轮的释放、重悬于清洗溶液中，然后重新捕获的过程，最终将RNA释放到洗脱溶液中并移除磁珠。

磁珠介导纯化方法的优点

磁珠法的缺点

直接裂解法进行样品制备（非纯化）时采用的裂解缓冲液，可以破碎样品，稳定核酸，同时与下游应用相兼容。通常，样品与裂解试剂混合在一起，在特定条件下孵育一段时间，然后直接用于下游分析。若有必要，可以对稳定后的裂解物进行纯化而得到样品。通过免去与固体表面的的结合及洗脱步骤，直接裂解法可以避免在其他纯化方法中可能会发生的偏差及对回收效率的影响。

直接裂解法的优点非常快速简单

直接裂解法的缺点