图中标示了箱线图中每条线和点表示的含义，其中应用到了分位数的概念 线的主要包含五个数据节点，将一组数据从大到小排列，分别计算出他的上边缘(Maximum)，上四分位数(Q3)，中位数(Median)，下四分位数(Q1)，下边缘(Minimum) 不在上边缘与下边缘的范围内的为异常值，用点表示。

数据准备

data

Repeat = rep(paste("Repeat", 1:3, sep = "_"), 100),

Condition = rep(c("Control", "Test"), 150))

> head(data)

Value Repeat Condition

1 -1.1395507 Repeat_1 Control

2 0.7319707 Repeat_2 Test

3 -0.2219461 Repeat_3 Control

4 -1.1454664 Repeat_1 Test

5 1.0740937 Repeat_2 Control

6 0.3741845 Repeat_3 Test

boxplot函数(R自带)

最方便的方法就是用boxplot函数，不需要依赖任何包

boxplot(data$Value, ylab="Value")

根据不同的条件，加上颜色

boxplot(Value ~ Condition, data=data, ylab="Value", col=c("darkred", "darkgreen"))

boxplot(Value ~ Condition * Repeat, data=data, ylab="Value", col="darkgreen")

多个分组(condition和repeat)的箱线图

boxplot(Value ~ Condition + Repeat, data=data, ylab="Value", col="darkgreen")

ggplot2

使用ggplot2来画箱线图是现在常用的方法

library(tidyverse)

# 定义一种主题，方便后面重复使用

theme_boxplot

axis.line=element_line(colour="black",size=0.25),

axis.title=element_text(size=13,face="p