我们在前几期文章详细给大家阐述了有关miRNA定量检测、功能研究、定位研究等内容。其中，miRNA与其靶基因作用的相关机制也被重点说明。那么如何预测miRNA的靶基因以便进行下游相关的验证实验呢？快来了解一下QIAGEN的IPA软件，帮助您迅速查找miRNA的靶基因及其富集的生物学通路和功能。

轻松搞定miRNA靶基因预测 

关于miRNA靶基因预测，IPA整合了常用的TargetScan预测系统，有实验证据支持的 TarBase数据库和miRecords数据库，形成了一个强大的miRNA的靶基因预测体系。不仅如此，IPA还可以一键富集miRNA靶基因所在的生物学通路及影响的生物学功能，预测其表达变化对下游的影响！那具体如何使用这个强大的IPA软件呢？只需简单几步即可！

第一，打开IPA软件后，通过检索框搜索miRNA名称或上传miRNA的成熟体序列。上传成功后会显示出该miRNA的种子序列（如果其他miRNA也有一致的种子序列也会显示出）。

第二，筛选miRNA靶基因，可以基于数据库来源和可信度筛选靶基因。如果同时上传了mRNA表达谱数据，则可以基于表达值的变化筛选miRNA-RNA配对。

第三，富集靶基因对应的通路和生物学功能。如下图所示，IPA可以一键富集靶基因影响的通路和生物学功能。同时，可以基于数据库证据预测miRNA活性变化对下游活性的影响。

除了QIAGEN的IPA之外，大家还经常用到miRBase、TargetScan、miRDB、TarBase v.8等数据库，在此列举几个常见的miRNA靶基因预测的网站供大家参考。

作为最全面的在线miRNA数据库之一，miRbase收录了来自200多个物种，接近4万个已知的miRNA信息。除了能查找miRNA序列外，还可以在该数据库中在线搜索已知的miRNA和靶标信息（仅包含已有的靶标信息，所以会出现部分miRNA靶标信息无的现象）。（https://www.mirbase.org）

作为目前应用频率较高的miRNA靶标基因预测网站，该数据库提供包括人在内的多个物种信息，支持通过miRNA预测靶基因，也支持通过mRNA预测相关的miRNA。（https://www.targetscan.org）

这个数据库可以预测人、小鼠等多个物种的miRNA靶基因信息。除了提供软件预测的靶基因结果外，该数据库还进行了包含miRNA前体或者成熟体miRNA功能的相关文献整理，汇总形成了一个miRNA功能数据库，称为FuncMir Collection。该网站使用界面简单明了，易于操作。（http://www.mirdb.org/）

TarBase是一个经过实验证据验证的miRNA靶基因数据库，包括人、小鼠、果蝇、蠕虫和斑马鱼在内的miRNA靶基因，目前新版本为v8。（https://dianalab.e-ce.uth.gr）

一个在线的植物miRNA的靶基因预测工具。（http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/tapir/）

该软件于2004年开发，基于分析miRNA和靶基因间形成双链的二级结构，能够快速、准确地计算一条短链RNA和一条长链RNA杂交时的自由能，并根据miRNA和靶基因之间结合自由能探测最佳的靶位点。（https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/rnahybrid）

以上就是我们常用的一些miRNA靶基因预测的网站，希望对大家的miRNA研究有所帮助。QIAGEN针对miRNA研究提供全流程解决方案，为了让大家更加系统的了解这一全流程解决方案，我们后续将重磅推出“miRNA研究全流程解决方案”的直播，还请大家关注“凯杰生命科学”，获得即时信息。