前期回顾：基因家族生信分析基础，基础到教你序列下载的那种基础（一）

写在前面：还是这门售价为 0.01 元的视频课，继续听！

基因保守结构域分析网站：MEME、SMART、Motif search 等，其中MEME分析结果更好看一些哈哈哈。

MEME在线分析分为2种：

①MEME分析：重点在发掘新的motif，是由 序列查找motif 的过程。

②Mast分析：重点在确定motif的存在，更全面，是由 motif查找domian 的过程。

 其缺点在于MEME输出的图形无法导出，分辨率差。这时我们需要TBtools识别MEME输出的XML文件，从而导出矢量图。（但是其实，时至今日的2020.03，MEME已经支持导出矢量图了，不过热爱学习的我还是学习一下怎么用TBtools作图哈哈哈）

首先，MEME是这么使用的：

基因定位是指基因所属连锁群或染色体以及基因在染色体位置上的测定。

实验法：1次杂交和1次隐形亲本测交来确定两对基因是否连锁，再确定位置。

生信法：根据测序文件，确定染色体大小，基因位置，软件绘制。（我们用这个）

基因定位总共需要2个信息：A基因的起始和终止位置，A基因所在染色体的大小。

①查看染色体大小（注意单位要换算成bp）：

NCBI ——》Genome ——》输入拉丁名 ——》search ——》Representative

②查看基因位置：

Phytozome（需登陆）——》主页Search in：物种拉丁名，for：基因名——》结果开头绿G——》Location

③打开绘制软件，输入相应内容，即可绘制：

需要注意的是，如果基因定位于Scaffold，NCBI上只能看到染色体信息，就需要我们去Phytozome里，Download，最新版本——》选择物种——》assembly——》下载需要的文件，然后对其中的Scaffold进行计数，得到其长度。

绘制完成后，视图底部here处打开新标签，在新标签右击，保存svg格式文件。

往期文章：顺式作用元件的查找、分析、一条龙。

基于对顺式元件的了解，根据教程即可逐步实现下图。

同样在TBtools里：Graphics——》Heatmap Illustrator ——》Heatmap，输入信息即可绘制热图。

综上，交作业哈哈哈，两天时间你就可以学到这么多知识哦，心动不如行动，快去最下方获取视频地址一起学习吧~

获取视频链接方法见（一）~ 

今日鸡汤：希望你悄悄努力，渡过黎明前的黑暗，惊艳所有，我们山顶见！