基因家族MEGA建树及iTOL基础美化【详解注释文件】 |
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使用MEGAX构建系统发育树
先进行多序列比对,muscle, clustalW, 可参考文献选择一种 区别见:http://blog.sciencenet.cn/blog-54276-314266.html 再进行建树,主要有NJ , ML ,可参考文献选择一种,或者使用2者锁定同一个结果。 建树参数,检验选1000,模型可以先在MEGA 的MODELS 中 “find best DNA/protein models” ,具有最低BIC分数(BayesianInformation Criterion)的模型被认为是最好地描述替代模式。但最佳模型是以ML找的,MEGA建树时ML、NJ提供的模型并不完全相同,且有些组合模型没有,所以看树的情况吧 MEGAX步骤详见:https://blog.csdn.net/weixin_43643082/article/details/84279196 导出newick格式,或者复制粘贴到txt iTOL美化帮助文档 : https://itol.embl.de/help.cgi 注册账号-登录-创建项目-上传树文件或粘贴txt,点树名称页面转到美化界面,默认显示成圆形 树形状的基本操作如是否显示步长检验数值,是否显示支长,是否对齐ID等,根据自身需求设置,略 最简单的上色【强烈建议】在help页面下载模板和例子的压缩包,先使用例子里的树和注释文件做一遍 以#开头的行都是注释 第一行:注释内容title 第二行:设定分隔符(TAB,SPACE空格,COMMA逗号) 第三行:DATA 另起一行跟注释的具体内容,格式为 NODE_ID TYPE COLOR LABEL_OR_STYLE SIZE_FACTOR NODE_ID:最外围就是你的序列ID了,内部的id鼠标单击会弹出名称 ranges-node.pngTYPE:(结合例子文件理解) 'range': defines a colored range (colored background for labels/clade) 'clade': defines color/style for all branches in a clade 'branch': defines color/style for a single branch 'label': defines font color/style for the leaf label 'label_background': defines the leaf label background color COLOR:以#开头的颜色值 LABEL_OR_STYLE:LABEL可以修改ID名称,STYLE设置格式如虚线 SIZE_FACTOR:大小 example叶子背景上色 NODE_ID为上色范围最早的分支;type为range TREE_COLORS SEPARATOR TAB DATA I148 range #eeffee test1 I110 range #ddddff test2 ranges-out.pngclade上色 ID没弄懂,欢迎解答 TREE_COLORS SEPARATOR COMMA DATA 9031|9606,clade,#0000ff,normal,2 601|340,clade,#ff0000,dashed,2 915|777,branch,#00ff00,dashed,10 9606|5664,branch,#00ff00,dashed,5 更简单的方法,可以直接点击要上色的整个clade的,node,弹出框选择“color”-"set clade color" colors_dash-out.png最外围加文字 文字较多,只展示下DATA部分 ID用于定文字的位置;-1表示在最外围 DATA 9606,Homo sapiens,-1,#ff0000,bold,0.2,0 4932,Eukaryota,-1,#000000,italic,2,90 160,Bacteria,-1,#0000ff,bold,2,90 2234,Archaea,-1,#0000ff,normal,2,-45 727,Something is here with a long label,-1,#ff0000,bold-italic,0.5,0 tol_text-out.png在枝上加形状标志 例子文件里的tol_symbol.txt系列 symbols-out.png做好即时导出SVG,不订阅无法保存。 iTOL还有很多其他可视化 |
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