构建进化树的流程为：整合各个基因文件到一个fasta文件中→进行序列对比→建树。序列对比是构建进化树的基础，主要是为了确定所有序列的同源位点能相互对应。

刚开始最先使用的序列对比软件是MEGA7.0，首先点击Align→Edit/Build Alignment，会弹出一个对话框，点OK，弹出第二个对话框，根据自己的序列选择，我选择DNA序列

会弹出另一个对话框，点击Edit→Insert Sequence From File ，打开自己整合后的fasta文件

 打开之后，进行序列对比，点击Alignment→Align by ClustaW，然后使用默认参数，点击OK，

然后我的电脑就卡死了哈哈哈哈哈哈

 一般来说，MEGA更适用于较少的较短的序列对比，而且对比后还要删除相应的gap，再去建树分析，而我的序列很长也很多，所以当我点完OK后这个软件就歇菜了。短序列对比可以用MEGA，但是mafft太好用了，我以后可能都不会用MEGA对比序列了

打开mafft需要找到他的安装包，解压后在文件夹内打开

打开后页面是这样

一般我会将我要对比的序列文件放到这个文件夹下面，然后直接将文件夹拖入@后，然后点回车键，出现如下页面，在Output file后面输入自己想要输出文件的路径，然后回车

出现新选项，选择4，回车

然后选1，回车

回车，回车，输入Y，回车

然后运算就开始了

等运算结束后，可以直接在输出的文件夹内找到新的FASTA文件，这个输出的文件就可以直接用于构建系统发育树啦

序列对比首选mafft