这篇教程为大家介绍怎样利用Materials Studio（MS）软件做出清晰、生动、形象的动画。

【往期内容】

前期内容我们已经介绍过利用Materials Studio软件做出高质量图片的方法，但是，图片只能够显示静态的分子结构，无法显示分子、原子的运动过程。

利用动画可以完美生动的演示分子动力学过程，使得化学反应、扩散、碰撞等现象的微观机制变得浅显易懂，更容易使大众理解抽象的物理化学原理和知识。

虽然动画不像图片一样，可以置于科技论文的正文部分，但动画依然可以作为论文的补充材料发表。目前几乎所有科技期刊都支持附带补充材料，这同样有助于论文的发表。同时，动画既可以在学术讨论中向听众演示，也能够用于教学教研过程中，引人入胜。

动画是多帧图像的组合，因此，高质量动画制作的前提是做好高质量的图片，在此，我们提醒大家注意复习利用Materials Studio软件制作图片的相关知识和操作方法。

由于大家还未开始学习分子动力学模拟知识和方法，我们使用Materials Studio软件资料库中自带的实例进行演示。

打开Materials Studio软件后，首先新建或打开一个工程文件，如果忘记了操作方法，记得复习前面讲过的相关内容。

然后，依次点击菜单栏“File”— “Import”。

在弹出对话框中进入路径Examples/Projects/QMERA/Stone-Wales Files/Documents/SW1 QMERA GeomOpt/，选择SW1.xtd，最后点击“打开”。

这样，在工程文件里，就成功导入了一根含有Stone-Wales缺陷的碳纳米管。

对碳纳米管中Stone-Wales缺陷相关知识感兴趣的同学们可以参考文献Chem. Phys. Lett., 2006, (421), 58-62相关部分。

下图就来源于该文献，图（d）高亮标注部分即Stone-Wales缺陷所在的区域。学习完本教程，大家再读这篇文献，一定会认为，如果当时作者给本文增加一组动画，将会更加吸引读者。

将碳纳米管轴线旋转到与屏幕平行，就能可看到已标注的Stone-Wales缺陷部分，名称为“QuantumAtoms”。

为了导出高质量的动画，我们先适当地调整图像的显示方式。将视窗背景换成白色（Display Options—Backgrounds—Solid color选择白色），然后将碳纳米管Stone-Wales缺陷对侧部分的原子雾化，以凸显缺陷结构（Display Options—Graphics—调高Depth cue intensity）。再将碳纳米管的显示方式换成“Stick”型（Display Style—Atom—选择Stick）。

为了突出显示Stone-Wales缺陷附近的原子，我们需要将该部分碳原子用球棒模型显示，以区别其他位置的碳原子。首先，点击菜单栏“Edit”—“Edit Sets”，打开对话框。

然后，在弹出的“Edit Sets”对话框中选中“QuantumAtoms”，点击“Select”，此时我们发现碳纳米管上Stone-Wales缺陷附近的原子被选中了。

保持该部分原子被选中的状态，打开Display Style对话框，为该部分碳原子选择显示风格为“Ball and stick”，增加“Ball radius”到0.5，然后，选择右侧Coloring部分的Custom，再点击它右侧颜色块，设置颜色为黄色。

最后，再切换到“Edit Sets”对话框，点击Delete，完成图像调整。

最后我们介绍动画的播放与导出。在工具栏中点击“Play”按钮，可以观察Stone-Wales缺陷附近的原子运动过程，此动画演示的是含有1处Stone-Wales缺陷的碳纳米管中结构弛豫并逐渐达到稳定（总能量最低）的过程。

如果您工具栏上没有这一组按钮，请依次选择菜单栏“View”—“Toolbars”—“Animation”，然后就会看到这组按钮。

播放完毕，点击“Stop”按钮，然后点击菜单栏“File”—“Export”，选择动画导出的路径。在对话框“保存类型”处选择“Movie Clip（*.avi）”,此时，文件名为“SW1.avi”。

点击“Options”按钮，在“Avi Export Options”对话框中将Playback speed数值改成5，指的是每秒播放5帧图像，Frame size指的是以像素数为单位的图像尺寸，可以根据需求修改，但应保持纵横比不变，Quality选择“Medium”或“High”。

设置完毕后点击“OK”，最后点击“保存”，就完成了一组动画的制作。

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