本共识基于文献数据并结合我国国情与分子检测需求，共总结6条检测相关意见要点，参与共识的临床病理专家通过共识线上会议或邮件形式对每条共识进行“非常同意”“基本同意”或“不同意”的投票。超过2/3以上专家组投票，计为有效投票，最终形成推荐意见和推荐等级。本共识分为“强烈推荐”“推荐”和“未达成共识”。共识专家组投“非常同意”的票数超过2/3的意见为“强烈推荐”，专家组投“非常同意”+“基本同意”的票数超过2/3的意见为“推荐”，否则不达成共识。投票参考推荐分级的评估、制定和评价（Grade of Recommendations Assessment, Development and Evaluation, GRADE）方法。

共识一：相比DNA-based NGS，RNA-based NGS不受内含子影响，可提升融合基因的检出率。建议有条件的医疗机构对NSCLC样本进行一次性同步RNA-based NGS与DNA-based NGS的驱动基因变异（融合/突变）检测。【强烈推荐】

在DNA-based NGS未检出融合基因变异的NSCLC患者中，RNA-based NGS可能检出更多融合基因变异。一项真实世界肺腺癌大队列研究[40]发现，在DNA-based NGS检测为驱动基因变异阴性的232例患者中，经RNA-based NGS可检测到更多融合基因变异（14.2%, 33/232），其中10例患者接受对应靶向治疗，8例患者实现临床获益。这一现象在Beaubier等[41]及Zacharias等[42]公布的研究中同样存在。在中国研究者公布的数据[43]中，140例基于DNA-based NGS检测的驱动基因阴性患者通过RNA-based NGS多检出了14例（10%）携带可用药融合变异。

相比DNA水平，RNA水平上融合基因表现为前后两个基因外显子之间的衔接，不受内含子的影响，融合点相对固定，这一特征为精准设计探针或引物提供了先天优势，也是RNA-based NGS比DNA-based NGS检测融合基因更具优势的原因之一。Benayed等[40]认为即使在大型杂交捕获面板中，由于内含子的长度和目标区域内的盲点，并非所有的融合均能被识别。Seo等[44]发现融合基因的RNA表达量都显著上调，其原因在于融合伴侣在自身发生转录的同时，其下游激酶区域同时发生了转录，使得激酶区域转录被激活产生了大量的mRNA，因此通过RNA检测可更容易识别到基因融合。由此可见，通过RNA-based NGS检测融合基因无需考虑内含子影响，且有概率更准确地检出融合基因。

随着NGS技术的不断进步，越来越多的罕见融合变异形式被发现[45,⇓-47]。然而，罕见融合变异的功能及临床意义仍然存在一定争议。RNA-based NGS可验证DNA-based NGS检测的罕见融合变异形式。例如，Ding等[48]的研究中发现了1例经DNA-based NGS检测的患者携带ALK基因罕见融合变异形式（LANCL1-ALK, L7:A20），经RNA-based NGS验证后确定为类棘皮细胞微管相关蛋白4-ALK（echinoderm microtubule-associated protein-like 4-ALK, EML4-ALK）（E13:A20）转录本。另一项研究[49]同样发现了相似现象，研究者采用DNA-based NGS鉴定了14例ALK基因复杂融合形式的NSCLC患者，对保留足够标本的13例患者加测了RNA-based NGS检测，发现融合基因和断点位置在DNA和RNA测序之间存在明显差异，所有受检者实际上都表达了经典的EML4-ALK融合转录本。此外，也有案例报道[50]提示对于DNA水平发现罕见或复杂融合形式的ALK融合患者，需尽早加测RNA-based NGS以验证其功能。该现象在RET基因融合变异中也有相关报道。例如：一项回顾性研究[8]对44例携带非经典RET融合（除KIF5B-RET和CCDC6-RET之外的RET融合都被归类为非经典RET融合）的配对DNA-based NGS和RNA-based NGS测序数据进行比较分析，结果发现44例样本中有41例在RNA水平上检出了RET融合（93.2%）。其中，68%（28/41）为经典的KIF5B-RET融合，12%（5/41）为经典的CCDC6-RET融合，20%（8/41）为其他非经典融合，这表明在DNA层面检出的大部分非经典RET重排在RNA层面实质为经典RET融合（80.5%, 33/41）。在另一项研究[7]中，12例经DNA-based NGS检测出RET非经典融合的患者中均检测到了RET融合转录，但仅有5例患者的融合伴侣和外显子断裂点结果与RNA-based NGS结果一致；在另外20例DNA-based NGS检测出RET非经典融合的患者中，通过RNA-based NGS均没有检测到RET融合转录。因此，对于ALK和RET融合基因的罕见融合变异形式，可通过RNA-based NGS验证其融合功能。

NSCLC的靶向用药检测主要包括基因点突变、插入缺失突变和基因融合。临床实践中，利用基于DNA的检测技术（NGS或PCR）完成一次性检测较为普遍，而实际基于RNA的检测技术对融合基因检出更具优势。目前在技术层面上，使用RNA-based NGS和DNA-based NGS在一个面板中进行检测已可实现。具体而言，先对一份肿瘤组织样本同时进行RNA和DNA提取，随后将RNA反转录为cDNA，再以一定比例与DNA样本混合，加入定制引物后形成混合体系。通过扩增子建库法将混合模板进行多重PCR扩增，文库产物上机测序后即可同时进行点突变、插入缺失和融合突变的分析。 使用上述方法，DNA和RNA一次性同时检测并不对样本数量和检测成本有更高要求，目前该技术已应用于临床[51,52]。考虑到晚期肺癌患者肿瘤组织获取有限、治疗的及时性以及检测的经济性，建议有条件的医疗机构对NSCLC组织的一份样本一次性利用DNA-based NGS检测点突变或插入缺失突变，同步利用RNA-based NGS检测基因融合变异。

共识二： 目前RNA-based NGS可用于检测ALK、RET、ROS1、NTRK、NRG1和MET等驱动基因融合。【强烈推荐】

NSCLC国内外诊疗指南一致推荐检测的融合基因包括ALK、ROS1、RET和NTRK。因此，NSCLC中RNA-based NGS检测基因融合应至少涵盖上述基因。一些针对新兴靶点NRG1融合的抗体药物Zenocutuzumab也在开展临床试验，目前已在携带该靶点的胰腺癌和NSCLC患者中展现出来良好的疗效[53,⇓-55]。对于罕见融合靶点（如EGFR、MET、FGFR和BARF），有病例报道发现NSCLC患者可从相应靶向药物中获益，一些相关临床研究[56,⇓⇓⇓⇓⇓⇓⇓⇓-65]也正在开展。此外，MET 14跳突是由于RNA剪接异常而造成MET基因14号外显子丢失，在DNA层面的突变具有区域复杂多样性，存在功能解读困难。内含子区域突变和在转录剪接水平发生的外显子融合可能导致DNA-based NGS出现MET 14跳突的漏检现象[66,⇓-68]。NCCN指南中也明确提出RNA-based NGS可提高MET 14跳突的检出率。因此在条件允许时，可考虑采用同时涵盖ALK、RET、ROS1、NTRK、NRG1融合和MET 14跳突的RNA-based NGS产品进行多靶点联合共检。

共识三：由RNA-based NGS检测的融合基因可指导NSCLC融合变异相关的靶向治疗。【强烈推荐】

由RNA-based NGS检测的融合基因可以指导融合基因变异相关的靶向治疗。一项发表在Lung Cancer上的研究[69]结果显示，由RNA-based NGS检测ALK融合基因的患者接受克唑替尼治疗的中位无进展生存期（progression-free survival, PFS）显著优于ALK融合基因未检出患者（182天 vs 20天，P