|
经常使用blast，一般我都是使用m8格式作为blast结果的，但是blast的m8结果竟然没有标题，这是一个坑爹的事情，硬记时间长了肯定忘，那就记录一下吧
看教程不够直观，那就看视频吧! >>点击加载视频
经常使用blast，一般我都是使用m8格式作为blast结果的，但是blast的m8结果竟然没有标题，这是一个坑爹的事情，硬记时间长了肯定忘，那就记录一下吧
首先展示m8结果文件如下：
 从图中可以看出共12列，下面来列举一下这12列的意思
1、Query id：查询序列ID标识
2、Subject id：比对上的目标序列ID标识
3、% identity：序列比对的一致性百分比
4、alignment length：符合比对的比对区域的长度
5、mismatches：比对区域的错配数
6、gap openings：比对区域的gap数目
7、q. start：比对区域在查询序列(Query id)上的起始位点
8、q. end：比对区域在查询序列(Query id)上的终止位点
9、s. start：比对区域在目标序列(Subject id)上的起始位点
10、s. end：比对区域在目标序列(Subject id)上的终止位点
11、e-value：比对结果的期望值，解释是大概多少次随即比对才能出现一次这个score,Evalue越小，表明这种情况从概率上越不可能发生，那么发生了即说明这更有可能是真实的相似序列
12、bit score：比对结果的bit score值
一般情况我们看第3、11、12两列，e值越小越可靠。
blast对应的参数是 -m 8
blast+对应的参数是-outfmt 6
发表于 2017-04-10 10:25
阅读 ( 20046 )
分类：软件工具
|