淫羊藿和巴戟天的区别主要是药物来源不同、功效不同、治疗病症不同等。

1、药物来源：淫羊藿属淫羊藿的茎叶，为小檗科淫羊藿，巴戟天通常是茜草科巴戟天属植物巴戟天的根。

2、功效不同：淫羊藿味辛、甘，性温，主要功效是补肾壮阳、强筋健骨、祛风除湿等，巴戟天味辛、甘，性微温，主要功效是补肾助阳，祛风除湿等。

3、治疗病症：淫羊藿通常能够治疗肾阳不足导致阳痿遗精、夜尿频多、腰膝酸软、下肢无力等症状，巴戟天通常能够治疗男性阳痿不举，女性小便频多、腰膝酸软等症状。