atomeye是一款小巧的、功能强大的可视化软件，由 李巨 开发(据说是其博士期间苦于没有很好的可视化软件而开发的)。

1. atomeye的优势可以轻松可视化原子数在百万级的体系(目前，我还没有发现其他的可视化软件能够做到如此)；

程序小巧，仅仅4M；

无需编译，直接运行(这个可能未必算优点)；

可以远程在终端下打开；

功能强大，渲染效果很不错；

免费。

2. atomeye支持的文件格式

atomeye目前只支持两种文件格式：CFG格式(包括标准CFG和扩展CFG格式)和PDB格式。

对CFG格式的支持更加完美，所以建议使用CFG格式。

3. atomeye下载

4. atomeye使用

下载到的atomeye文件名为 A.i686，我一般会把文件名改为 atomeye，更直观：然后赋予atomeye可执行属性。$ mv A.i686 atomeye

$ chmod +x atomeye

另外，建议将atomeye添加到系统路径，这样就可以在任意目录下均可以直接使用atomeye命令调用。

假如你当前的系统是linux系统(而不单单是一个linux终端)，你的atomeye装在远程的主机上，那么你只需要使用 -Y 参数连接ssh，那么你可以实现在终端上运行atomeye。$ ssh -Y servername

$ atomeye DNA.cfg

atomeye会打开如下图所示：

5. atomeye常用命令

atomeye的功能很强大，这里只列举部分常用功能。快捷键

功能描述

F10

重新加载当前文件

B

切换是否显示键

D

改变背景颜色

F

根据原子ID查找并显示原子信息

I

调整模拟盒子边框显示模式

J

jpg格式截图

K

根据原子坐标关系对原子上色

L

切换到正常的原子颜色

O

切换到最初的原子颜色(对个别原子改变颜色后)

P

png格式截图

Q

退出窗口

U

将视图放正

Y

自动连续产生图片

,

显示过去单击的两个原子间的距离

TAB

一般视图与透视图切换

Insert/Delete

显示下一个文件

Home/End

增加/减少键半径

Pageup/PageDown

增加/减少原子半径

Right/Left/Up/Down

绕轴旋转

Ctrl+Insert/Delete

显示第一个/最后一个文件

Ctrl+Left-click

改变选中一个原子/键的颜色/半径

Ctrl+Shift+Left-click

改变选中一类原子/键的颜色/半径

Ctrl+Right/Left/Up/Down

平面内移动视图

Ctrl+Shift+Up/Down

放大/缩小视图

Shift+Up/Down

平面内顺时针/逆时针旋转视图

Shift+Left/Right

向前/向后推进截平面

Shift+[0-9,a-f]

创建截平面

Shift+CapsLockOn+[0-9,a-f]

删除截平面

CapsLockon+Right/Left/Up/Down

在周期性边界条件下移动对象