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1写在前面 上期介绍了刚刚更新的AnimalTFDB v4.0数据库,不仅收录的转录因子非常全面,而且同时提供了检索转录因子的强大工具,可以通过转录因子家族和物种进行List检索。😘 本期我们介绍一下其他检索方法,以及如何预测转录因子和转录因子结合位点。🧐 2通过基础信息检索1️⃣ 点击Search进入检索界面。 ![]() 2️⃣ 这里我们可以通过基础信息进行检索。 ![]() 3️⃣ 大家可以输入Ensembl ID,Entrez ID或者Gene Symbol等进行查找。 ![]() 4️⃣ 提交后会出现检索结果,大家可以点击export导出到本地使用,格式为.tsv。 ![]() 1️⃣ 大家也可以通过mRNA/protein表达进行检索,这里收录了TCGA, GTEX,EBI Cellline等表达数据。🥳 ![]() ![]() 2️⃣ 这里可以选择你需要的数据集。比如LUSC (Lung Squamous Cell Carcinoma)。🔍 Note! 这里的表达数据只有人的,如果你需要检索别的物种,还是需要通过之前介绍的方法检索。😅 ![]() 3️⃣ 同样的,提交后会出现检索结果,大家可以点击export导出到本地使用,格式为.tsv。🧐 ![]() 在Input list中输入你要检索的Ensembl ID,Entrez ID或者Gene Symbol等进行批量查找吧。👀 ![]() 另一个比较重要的功能就是转录因子预测,这里我们点击Predict TF进行预测,在Input中输入你的蛋白序列,就可以得到结果啦。😁 ![]() 有时候我们拿到一段序列希望知道,有哪些潜在转录因子以及他们的结合位点在哪里,这个时候我们就可以用这个工具了,在Input中输入FASTA格式的序列后,就可以得到结果啦。👇 ![]() Note! 这里的数据是整合了TRANSFAC, JASPAR, HOCOMOCO, CIS-BP hTFtarget和MEME等数据库进行的比对。 7稀有转录因子的研究有时候大家检索一通也没有找到你的转录因子,那么你的转录因子可能被研究的比较少,这个时候你可以使用Blast工具进行比对。🥲 ![]() 本次更新还有一些新的功能,如翻译后修饰,变异及突变,自噬调节等。这里我们做一个简单的介绍,以下以转录因子FOXO3为例:👇 ![]() ![]() ![]() ![]() 🌟 如何引用:👇 Shen WK, Chen SY, Gan ZQ, et al. AnimalTFDB 4.0: a comprehensive animal transcription factor database updated with variation and expression annotations [published online ahead of print, 2022 Oct 21]. Nucleic Acids Res. 2022;gkac907. doi:10.1093/nar/gkac907 最后祝大家早日不卷!~ |
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