二代测序基础知识 |
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Raw Base(bp):原始数据产量,测序序列的个数乘以测序序列的长度,以bp为单位。 Clean Base(bp):过滤之后的有效数据量,过滤后测序序列的个数乘以测序序列的长度,以bp为单位。 Effective Rate(%):过滤后获得clean data 与raw data的比值。 Error Rate(%):碱基错误率。 GC Content(%):碱基G和C的数量总和占总的碱基数量的百分比。 adapter:接头,用于上机测序。建库时引入的接头序列与测序芯片(flow cell)上固定的接头相互识别。 index:测序的标签,用于测定混合样本,通过每个样本添加的不同标签进行数据区分,鉴别测序样品。 Q20,Q30:Phred 数值大于20、30的碱基占总体碱基的百分比,其中Phred=-10log10(e),e为错误率。 raw data/raw reads:测序下机的原始数据。 clean data/clean reads:对原始数据进行过滤后,剔除了低质量数据的剩余数据。后续分析均基于clean data。 |
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