iTRAQ技术，即同位素相对标记与绝对定量技术。该技术可对复杂样本、细胞器、细胞裂解液等样本进行相对和绝对定量研究，具有较好的定量效果、较高的重复性。由于其能够同时对多达8种样品进行标记分析,故在生命科学的各个领域得到了广泛的应用。

iTRAQ的检测可以做这样的比喻，蛋白被打成肽段后，被平均的铺在了一个有384个孔的平板上，然后机器会从每个孔中选取浓度在前5名的蛋白进行鉴定和比对，所以，如果假设每个一个样本中有100个蛋白，他们的浓度均为1%，那么得到的结果就是蛋白的得分低，但是鉴定的蛋白数量会很多，可以达到90以上；如果一个样本中有100个蛋白，有3个蛋白的含量分别为30、20、10、其他的97钟蛋白为剩下的50%，那么这三种蛋白的得分高，但是鉴定出的蛋白数量会比较少，也许只有50或者60个。因为一些高丰度的蛋白会大量分部在上述的小孔中，抑制了其他蛋白的检出效果。    那么，iTRAQ的主要优势有哪些？ (1) 高通量   一次性定性和定量该样本的总蛋白，不用像双向电泳(2DE)或DIGE要逐个斑点做鉴定；2DE可分离1500-2500个斑点(并且可能很多斑点对应同一种蛋白)，而iTRAQ一般可鉴定2000种以上蛋白，其中常规动物组织或细胞可鉴定到4000-7000种蛋白； (2) 结果直观、分析灵活

直接得到蛋白的定性和相对定量信息，可利用统计学方法快速筛选出各个组别的差异蛋白；能更好的结合基因组或转录组的数据，十分有利于后续研究。 (3) 对样本类型无限制   任何类型的样本均可做，当然数据库越全、鉴定到的蛋白种类越多；对于罕见物种，可提供转录组数据来检索，更容易找到有意义的蛋白。 (4) 加了数据的可靠性和相关性   一次上机的样本数高达8个，如果样本数多于8个，还可以在每次上机时设置内参，每个样本先跟内参比较，再相互比较(排除操作、环境和仪器误差)，从而实现多组样本间的差异蛋白分析。 

和SILAC标记技术的比较如下：

1.SILAC定量主要是一级质谱定量，iTRAQ主要是二级质谱定量 2.SILAC是体内标记，需要在进行材料培养的时候就加入标记，主要使用在动物或植物细胞培养的过程中，针对其它类型的组织等样品就不适用，但是iTRAQ是体外标记，是将蛋白提取后再进行标记，可以适用于几乎所有材料样品。

3.两者的定量准确性及蛋白分辨率方面应该差别不是很大。

4.由于SILAC需要进行培养的过程中添加标记，所以需要比较长的时间才能比较彻底地标记，所以有钱有时间可选SILAC，需要快速就用iTraq。