TCGA数据库：miRNA数据下载与整理(2) |
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TCGA数据库：miRNA数据下载与整理(2)
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我前面有一篇介绍TCGA数据库中miRN miRNA Expression Quantification数据。  我整理得到的数据结果是这样的。  这里我们可以发现，miRNA的前体可能对应多个成熟的miRNA，比如hsa-let-7a-1，有两个对应的成熟体，MIMAT0000062(hsa-let-7a-5p)和MIMAT0004481(hsa-let-7a-3p)。这里的值是对所有成熟体miRNA求和的结果。 如果我们想要得到成熟体miRNA的数据，我们需要下载Isoform Expression Quantification的数据。  下载后的数据处理方式和前面文章差不多。下载后的数据，我们打开单个文件看一下，比miRNA Expression Quantification数据多了2列。在miRNA_region列中就有是否成熟的信息。我们可以参考前面的文章【miRNA注释包:miRBaseVersions.db】进行转换为我们常用的名称，比如：hsa-let-7a-5p。  下面我们来看一下，这些数据的差异。 加载一些需要用到的R包 rm(list = ls()) options(stringsAsFactors = F) # 作者：DoubleHelix，微信公众号:MedBioInfoCloud library(rjson) #没有安装事先安装 library(dplyr) #没有安装事先安装 library(tidyr) library(limma) #没有安装事先安装 library(stringr) #没有安装事先安装 library(miRBaseVersions.db)处理一下json文件。 ###---1.处理json文件---------------------- jsonFile |
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