iTOL基本用法已经会了，之前记录过一点：系统发育（进化）树绘制小结。最近重用，调图时又发现了些细节，记录下备忘。

不注册也可用，但注册登录可保存树在itol网站上。

进化树能展示枝长是最好的，能用来判断材料和群体间的特殊性。但现在大部分文章中的进化树都是去掉了枝长的，也可以理解，样本太多，展示不好看。

处理前：

处理后：

对进化树添加分类后的注释，图片的图例是需要自己设置的。不然就只能导出，用其他软件添加，或用文字说明。

比如这里我注释三圈，最内圈用range，外两圈用strip（不懂的看之前文章或看itol示例注释）。两部分设置有点不同。

range的注释图例可点开legend即可。可以用鼠标自由移动图例的相对距离。

strip的注释图例，需要自定义，如果有多重注释，注意看选择的是哪个数据集就对该数据集进行设置。最后同样的，图例位置可自由移动。

材料过多时，我们常用无根树来展示，这时一般展示枝长。很简单，去标签，注释上色即可。

直接拖拽注释文件上色。

但是由于树枝太多密集，颜色显示不是很明显。需要做一点调整：将线型调小一点。

此外，还可以尝试做一些高级调整，如去掉标尺、旋转图片角度等。

但因为无根树去掉了标签（样本名称），所以没有range注释，只有strip类型，需要手动设置图例（见上）。或者不用图例，直接在图片备注中说明即可。

当你要导出pdf、png等有长宽位置信息类型图片时，最好选择Full image，它会自动设置配置合适你的图片大小。如果用screen，那么在网页上是什么样，导出就是什么样，你不好把握尺寸。

另外，如果是png，分辨率也有必要设置一下，尽量大点。

更新补充 iTOL真是调图神器，任何细节都可调节，而且非常美观，曾尝试过ggtree，但效果不佳。顶级文章中的进化树多用iTOL吧。不过学习依然需要成本，记录要求以备忘。

使用Manual annotation，有很多选项，有固定形状或手动绘制，可多尝试。

可设置线条或背景颜色、透明度等，个性化非常多。我试了一个例子：

旋转、枝长、标签、弱化线条等。

去掉tree scale box，展示叶节点等。

可以将聚类的结果按顺序导出文本，便于材料分类的后续分析，很实用的功能，再也不用一个个去对照看了。

如果你的材料聚类非常清晰，找到每类的根节点，染色将其所有枝长（clade）标色，导出的文本就含有分组信息。

如果材料聚类不是很清晰，你不太好找到根节点标色，或者不是你预期的分组，这时你也可以把树作为整体标色并导出，导出后你只需找到每类的边界样本就可辨别，而非一个个去对照。

比如：

以上示例可大体判断聚为三类，找到三类根节点，右击将其标色。 如果找不到每类的节点，把全部的树标色也行（一定要标，不然导不出文本，或者只导出部分文本）。

选中后选中右上角导出标注文本即可：

完全是按进化树聚类的顺序。这时你就可以进行下游分类分析了。

多层分类，如群体遗传中不同类型分组时（品种类型：栽培农家野生，地区：南北方，生态类型等），常常用到多层注释。不同类型可用颜色、形状等注释，可在节点、枝条、标签（样本名）、条带、阴影等地方体现。

我常用的几种注释如下：

只对条带分类。注释文件tol_color_strip2.txt：

对标签注释，文件如下：

利用这个可实现对标签分类，通过选择at tips，或将shift调为负数。

还可对节点末端设置形状，使之区分更为明显。

这个注释文件iTOL的example_data注释文件是没有提供的。我也是在官方找了很久才找到示例：https://itol.embl.de/help/dataset_symbols_template.txt

表头说明看上面注释就好，数据说明：#ID,symbol,size,color,fill,position,label。如100379,1,10,#00ff00,1,0.5表示第一列节点/样本，第二列形状，第三列大小（只有大小不一时才能体现，若大小设置一样，则需要导入后才能用symbol size调节），第四列颜色，第五列填充，第六列位置（0是节点起始，0.5是中间，1是末端）。