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https://wilkox.org/gggenes/ gggenes是ggplot2的扩展包，用于绘制基因结构图、多物种基因比较图的很好玩的工具。 安装 一种是安装稳定版本的gggene。 install.packages("gggenes")另一种是从github上安装开发版。 devtools::install_github("wilkox/gggenes")下面是用的数据内容如下： 
example_genes包括118行和6个变量。每一行代表一个基因或一个区域；列分别是： molecule：基因组名字gene: 基因名字 the name of the genestart: 基因在基因组开始位置 (如果在负链，注意起始位置的写法跟bed文件不同了)end: 基因结束位置 (负链的基因起始位置绝对值大于结束位置)strand: 基因属于哪条链 (可选)如果想显示基因的子区域，如外显子、或翻译为特定功能域的区域等。 
example_subgenes多了三列信息： subgeme: 子片段名字from: 子片段开始位置to: 子片段结束位置用geom_gene_arrow()画基因箭头 geom_gene_arrow()是一个ggplot2几何性状，它用箭头表示基因。基因在分子内的起始和结束位置分别映射到xmin和xmax。这些开始和结束位置用于确定箭头指向的方向。基因组信息molecule映射到y轴。如果绘制的基因来自不同基因组的位置的数值相差很大，一般指定scale =“free”来调整横轴的坐标展示，以避免部分数字太大压缩了小基因组的基因的展示。 library(ggplot2) library(gggenes) ggplot(example_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule, fill = gene)) +geom_gene_arrow() + facet_wrap(~ molecule, scales = "free", ncol = 1) + scale_fill_brewer(palette = "Set3")
用theme_genes美化图形 由于生成的图可能看起来很混乱，因此ggplot2主题theme_genes提供了一些合理的缺省值美化结果。 ggplot(example_genes, aes(xmin = start, xmax = end, y = molecule, fill = gene)) + geom_gene_arrow() + facet_wrap(~ molecule, scales = "free", ncol = 1) + scale_fill_brewer(palette = "Set3") + theme_genes()
使用make_alignment_dummies()跨面对齐基因 通常我们会想要所有物种按某一个指定的基因对齐，比如下面例子中的geneE。make_alignment_dummies()会根据给定的数据和待对齐的基因，生成一组空基因；再使用geom_blank()将这些空基因添加到绘图中，就可以填充两侧的空白，以在图上直观地对齐所选的基因。 dummies |
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