流感病毒属于正粘病毒科，是单股、负链、分节段的RNA病毒。根据病毒核蛋白和基质蛋白，分为甲、乙、丙、丁（或A、 B、 C、D）四型。甲、乙型流感病毒都有8个不同的RNA节段, 编码至少10-11种蛋白，而丙型流感病毒缺少一个编码神经氨酸酶蛋白的节段。分布在病毒表面的血凝素（Hemagglutinin，HA）和神经氨酸酶（Neuraminidase，NA）在病毒感染复制过程中扮演着至关重要的角色。根据HA和NA的蛋白结构和基因特性，甲型流感病毒可分为多种亚型。目前，发现的HA和NA分别有18个（H1-18）和11个（N1-11）亚型。由于流感病毒的复制没有RNA校正酶参与，RNA聚合酶每复制大约一万个核苷酸就会出错，致使其发生突变的频率高于其他病毒；并且，流感病毒基因组的节段性使得不同型别、亚型病毒同时感染一个细胞时，可能发生基因重配，导致病毒基因组出现较大的突变。