这个肯定厉害了，是大家闺秀，是名门望族，是根红苗正的GWAS分析软件。

GEMMA名称来源：

GEMMAX主要特点：

快，话说同样的检测方法，GEMMA跑了3.3小时，而EMMA估计要跑27年？？？

相对于plink的语法，GEMMA语法更简练，一个杠，一个字母。比如：

GEMMA支持plink的二进制文件：

表型数据格式：

一列，注意顺序和基因组的ID顺序一致，如果是多个性状，那就是多列，没有ID列。

协变量格式：

协变量是数字类型，如果有因子，需要转化为虚拟变量的形式。没有ID列，第一列是cov1，第二列是cov2……，注意，如果有一协变量，第一列为1（截距），第二列为协变量。

比如下面的数据是一个协变量，第一列为截距。

首先将plink格式转化为二进制的plink格式：

然后将表型数据提取单独一列：

然后进行一般线性模型关联分析：

结果和plink的linear结果对比：

plink的结果：

gemma的结果：

两者结果完全一致。

事实上，加上协变量的分析，gemma和plink的结果也是一样的，因为都是应用的是一般线性模型。

第一步：先生成G矩阵

代码解释：

G矩阵在output文件夹下：result.sXX.txt

第二步：使用混合线性模型进行GWAS分析

第三步：查看结果文件

结果在output文件夹下：result.assoc.txt

Pvalue比较

Beta回归系数比较：

注意：

这里面，混合线性模型分析时，一般要加上PCA的结果，防止群体结构造成的假阳性。下一章节，我们介绍LMM模型，如何加入协变量。