RAxML (Random Axelerated Maximum Likelikhood) 能使用多线程或并行化使用最大似然法构建进化树。

wget https://github.com/stamatak/standard-RAxML/archive/v8.2.12.tar.gz 

tar zxf RAxML-v8.2.12.tar.gz

cd RAxML-8.2.12/

make -f Makefile.SSE3.PTHREADS.gcc -j 4

rm *.o

make -f Makefile.AVX.PTHREADS.gcc -j 4

rm *.o

echo 'PATH=$PATH:/opt/biosoft/RAxML-8.2.12/' >> ~/.bashrc

source ~/.bashrc

简单快速方式

raxmlHPC-PTHREADS-SSE3 -f a -m GTRGAMMA -p 12345 -x 12345 -# 10 -s 20k.phy -n chr001.raxml -T 30

RAxML 的参数非常多，设置非常复杂，上述常用例子的参数为：

-f a

此参数用于选择 RAxML 运算的算法。可以设定的值非常之多。 a 表示执行快速 Bootstrap 分析并搜索最佳得分的 ML 树。

-x 12345

指定一个 int 数作为随机种子，以启用快速 Bootstrap 算法。

-p 12345

指定一个随机数作为 parsimony inferences 的种子。

-# 10

指定 bootstrap 的次数。

-m GTRGAMMA

指定核苷酸或氨基酸替代模型。 "PROT" 表示氨基酸替代模型，“GTR”表示碱基替代模型； GAMMA 表示使用 GAMMA 模型； X 表示使用最大似然法估计碱基频率。

-s 20k.phy

指定输入文件。phy 格式的多序列比对结果。软件包中包含一个程序来将 fasta 格式转换为 phy 格式。也可以通过Tassel或者Mega转换格式：vcf-phylip

-n chr001.raxml

输出文件的后缀为 .chr001.raxml 。

-T 30

指定多线程运行的 CPUs 。

RAxML_bootstrap.ex bootstrapped trees

RAxML_bestTree.ex            最佳得分 ML 树

RAxML_bipartitions.ex        有 bootstrap 分值支持的最佳得分树，分值在 node 上。

RAxML_bipartionsBranchLabels.ex 有 bootstrap 分值支持的最佳得分树, 分值在 branch 上。FigTree不能识别此文件。

参考资料：

http://www.chenlianfu.com/?p=2225

http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/30/9/1312.full

网页版工具：

http://epa.h-its.org/raxml/submit_single_gene