R:包“复杂热图”:如何旋转列名称,它们默认为垂直,我想要水平

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R:包“复杂热图”:如何旋转列名称,它们默认为垂直,我想要水平

2023-03-17 15:48| 来源: 网络整理| 查看: 265

使用"ComplexHeatmap"包中的"oncPrint"函数,我希望将列名(在所附图像中显示为绿色)从垂直旋转为水平,因为这将更容易阅读。我尝试了很多gpar选项,但都没有成功:左、右、右、右示例:列名gp = gpar(las = 1)示例:ht_global_opt(热图列名gp = gpar(las = 0))这一定有可能......但怎么可能呢?这是我的业余代码,后面跟着一些数据(基因名称已经改变,以保护无辜的)。库(复杂热图)文件路径详细信息〈-file. choose()mat =读取. table(文件路径详细信息,标题=真,字符串作为因子=假,sep =",")材料[www.example.com(材料)]=""is.na(mat)] = ""rownames(mat)= mat [,1]#将行名称定义为样品ID。mat = mat [,-1]#第1列现在是多余的,因此删除它。mat = mat [,-ncol(mat)]#确保选择了整个表ID。mat = t(as. matrix(mat))#将数据转换成矩阵。mat [1:3,1:3]#这只是对数据处理进行3x3的目视检查更改乐趣列表=列表(背景=函数(x,y,w,h){网格矩形(x、y、w-单位(0.5 "毫米)、h-单位(0.5英寸,毫米),gp = gpar(填充="#CCCCCC",列= NA))},"无意义"=功能(x,y,w,h){网格矩形(x-0.008,y,w * 0.45,h单位(0.5 ",毫米),gp = gpar(填充="红色",列= NA))},"错义"=功能(x,y,w,h){网格矩形(x-0.008,y,w * 0.45,h单位(0.5 ",毫米),gp = gpar(填充="蓝色",列= NA))},"无声"=函数(x,y,w,h){网格矩形(x +0.008,y,w * 0.45,h-单位(0.5,"mm"),gp = gpar(填充="森林绿色",列= NA)})col = c("沉默"="森林绿","无意义"="红","错义"="蓝")oncoPrint(格式,获取类型=函数(x)字符串拆分(x,"-")[1],更改函数列表=更改函数列表,列=列,显示列名=真,列名gp = gpar(cex = 0.5,字体= 1,列="绿色"),热图图例参数=列表(标题="突变"))A tiff image of some fictional gene mutation data一些虚构的数据保存为文本文件:汤姆,迪克,哈里,弗雷德,比尔,托德,厄尼,安迪,西蒙,杰德,韦斯,加里,菲尔,伯特,约翰,沃尔特,道格,斯坦,休,克里夫,纳赫,厄尔,格雷格,埃德,亨利,威尔,保罗,杰克,米克2,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,5,,,沉默,,,,,,,错义,,,,沉默错义,,错义,,,,,6、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、无声、、、、11、、、、、、、无声、、、、、、、、、12、、、、、、、、、、、、、错义、、、、、、错义、14、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、错义,15、、、、、、、、、沉默、、误解、、、、、17、、、、、、、沉默、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、错义、18,,,,错义,,,,,,错义,,,,错义,,,,,19、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、错义20、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、错义、23、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、胡说、27、、、、、、、、、、、、、、、、、、、错义、、、、、、、28,,,错义,,,,,,沉默,,,,,,,,,,,错义,29、错义、错义、错义、错义、错义、错义、错义、错义30、、、、、错义、、、、、、、、、、、31、、、、、、、、、错义、、、、错义、、、、、、错义、39、、、、、、、、、、、、、、、、、错义、、、、、、、42,,,,,,,,,,沉默,,,,错义,错义,,,,,沉默,,,,43、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、错义、沉默45、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、错义、46、错义、、、、、、、、、、、、、、、、沉默错义、、、、错义、47、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、、50、、、、、、、、、、、、、、、、误解、、、、、、胡说、、、、51、、、、、、、、、、、、、、、、、错义、、、、、52,,,,,,,,,,,沉默,,错义,错义,错义,沉默,,60、、、、、、错义、、、、、、、、、63,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,胡说八道,64、、、、、、、、、、、、、、错义、、、、错义、65、、、、、、、、、、、、、、、、、、错义、、、、、、、、66、、、、、、、、、、、、无声、、、、、、、、我真的希望有人能帮我......我以前从来没有被R难住过。谢谢。安德鲁



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