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#笔记#氨基酸残基质子化形式的判断(pKa预测)
已有 13408 次阅读 2021-1-20 20:59 |系统分类:科研笔记 1、判断aa残基的质子化形式 过程简述: a、计算pka 可以使用propka 或者H++等在线网站,在输出文件中,会列出相应残疾的pKa预测值,以及氨基酸类型; b、可视化检查。用VMD、PyMol等打开蛋白质的三维构象,看HIS侧链的ND1和NE2哪个可能和其它残基形成氢键,能形成氢键的,且H在HIS上更为合适的,就认定该N原子是质子化的。据此来判断HID/HIE/HIP这三种状态。 C、并使用软件US打开.pdb文件,将对应的氨基酸残基做更改: GLU – GLH ASP – ASH HIS – HIE HID HIP 其中his由于具有咪唑基(咪唑基是1,3二氮杂戊环)可形成三种形式的质子化形式,包括两个氮原子的分别、以及同时质子化,因而对于该质子需要人工判断; 举例说明: 使用propka网站:https://server.poissonboltzmann.org/pdb2pqr ,上传文件,并设置pH以及选择力场为,由于操对象为蛋白质,所以使用AMBER力场,其余使用默认参数; 对预测结果仅输出.pqr 和 .propka两个文件,其中包含关于上述三种残基的质子化形式,可以使用UE查看,或者使用VMD打开.pqr的文件的图形化展示; 接着打开pymol,open - file,输入指令:selest 188_4a,resi 188 around 4 (含义为:对于该残基进行选取,并选取周围4埃米的范围,命名为188_4a),然后使用stick模式,find – polar cantacts 进行判断。 若氢键出现在δ1N(又称N1、ND,即靠近γC的N原子),则为HID;若氢键出现在epsilon2(又称N2、NE,即远离γC的N原子),则为HIE; ep: 由于ND可与-OH上的H原子形成氢键,即扮演电子对的提供者,因而咪唑基上的氢原子出现在NE上,即为HIE;即氢键原子出现在哪一个N原子上,即为该哪一种类型,ND-HID、NE-HIE。 在上图中,有羟基提供氢原子,与NE形成氢键,因而咪唑基上的氢原子出现在ND上,该残基为HID; 在上图中,如果ND上存在氢原子,则可与3.6埃米出的羰基形成氢键,有利于结构的稳定,故而该残基为HID; 在上图中,由于靠近ND原子上的-NH-可以提供一个氢原子,形成氢键,因而该咪唑基上的氢原子出现在NE上,残基类型为HIE; 最后使用UE,在对接结果的.pdb文件上的残基名称进行相应的修改; 3、将pdb文件中的无用信息删除,包括头尾两部分,只留下蛋白质与小分子的坐标信息、以及最后的end。 4、(少数情况)检查是否存在非标准氨基酸 5、如果有小分子,需要将pdb文件中的小分子拆分出来,并且分别另存,使用复制粘贴的方式即可; https://blog.sciencenet.cn/blog-3463146-1268139.html 上一篇:#笔记#pymol 收藏 IP: 1.194.187.*| 热度| |
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