Pymol入门教程

2023-10-20 14:14| 来源: 网络整理| 查看: 265

Pymol入门教程–动画制作

Pymol中导入蛋白，在Pymol中调好蛋白的位置。

Pymol中命令行操作 mset 1 x180 #由目标分子复制生成180帧（frame）相同的状态（state）; util.mroll 1, 180, 1 #以当前视野的Y轴旋转分子，得到180个state; OR util.mrock(1,60,10,1,1) # issues mdo commands to create +/- 10 deg. rock over 60 frames set ray_shadows, off #关掉立体光线阴影 Movie >> 勾选Ray Trace Frames; OR set ray_trace_frames=1 File >> Save Movie As >> PNG Images，选择路径，输入name，会自动保存180个分子旋转过程中的图片，png格式; OR mpng E:/path/name #保存所有states的png图片另，File >> Save session，保存pse文件以备后续使用。 Pymol菜单操作

制作场景移动结构->菜单sence->append-移动结构->菜单sence->append 。。。。

mset 1x900 #设置动画帧数 pymol 1秒30帧 mview store, 1 # 当前场景第1帧 mview store, 50 #当前场景第50帧 mview store, 150 # 回到初始场景生成GIF动态图

(1) Linux下使用convert命令生成将所有png图片上传到服务器，在LINUX环境下，运用convert命令生成动画图片，gif格式。

convert *.png t_rotate.gif #convert功能十分强大，可另行学习各种图片编辑和转换操作

(2) Python脚本生成

import imageio, os, sys def png_gif(path): png_lst = os.listdir(path) frames = [] for i in png_lst: frames.append(imageio.imread(path + i)) # for i in range(0, 51): # i = i*4 + 1 # k = str(i) # z = k.zfill(4) # frames.append(imageio.imread(path + "/pten" + z + ".png")) imageio.mimsave("result.gif", frames, 'GIF', duration=0.5) def main(): path = str(sys.argv[1]) png_gif(path) if __name__=="__main__": main()

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