GEO芯片数据下载和探针ID转换(保姆级教程) |
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GEO芯片数据下载和探针ID转换(保姆级教程)
一、问题描述探针ID转换数据是否预处理过
二、Rstudio的安装(建议阅读,避免后续转换时出错)安装包的下载安装步骤
三、(正文)芯片数据下载和ID转换相关设置和包的加载数据下载
本文章主要参考了: ①R 语言的安装(详细教程) ②GEO芯片数据下载和探针ID转换 一、问题描述 探针ID转换我们需要的基因表达量信息在NCBI的GEO数据库中对应的编号为GSE95394,搜索后结果如下 此外还需要注意的是,选择其中某个样本点击进去 注意:由于我们需要使用WGCNA等包,所以对R以及RStudio的版本是有一定要求的(要求>4.1.3) 这里我已经将合适的版本上传至百度网盘,注意:这三个安装文件都需要下载,缺一不可 链接:https://pan.baidu.com/s/1pbgbCVQf69sEk7_tK8SGSw 提取码:4aeh ①可以在D盘中新建一个R文件夹,将这三个文件都放在R文件夹里面,然后安装路径也都在这个R文件夹里面。(为什么安装包要和最终的安装路径放一块?因为不这样的话,RStudio运行时可能检测不到R-4.2.2安装文件夹里面etc文件夹中的Rprofile.site,这个文件的作用我稍后会解释) ②按照R-4.2.2-win、rtools、RStudio顺序依次安装(顺序不能乱),安装时都选择默认选项即可。 ③因为有些R中的包依赖于java所以还需要进行java的环境配置:java 环境配置(详细教程) ④运行RStudio:在安装的RStudio>bin文件夹里面,有个rstudio.exe,双击打开即可 |
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