GEO便捷转换器使用教程,帮你轻松处理GEO平台数据 |
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GEO便捷转换器使用教程,帮你轻松处理GEO平台数据
看教程不够直观,那就看视频吧! >>点击加载视频 GEO数据库中主要是四种文件格式,包括RAW.tar、Series Matrix File、MINiML formmatted family file和SOFT formmatted family file四种形式,如下图 其中RAW.tar是原始未经过任何处理数据、Series Matrix File是已经标准化好的矩阵文件,GEO便捷转换器主要处理MINiML formmatted family file文件。 首先,打开GEO便捷转换器,会弹出如下一个界面 接下来,选择文件,这里选择之前下载好的文件,如果已经解压出来需要导入.xml文件 导入工具中,如下图所示 1:输入MINiML formmatted family file; 2:MINiML formmatted family file数据部分展示; 3:选择基因命名类型,通常选择symbol; 4:数据转换类型,选择normalized; 5:多个探针对应同一基因时处理方法,这个根据数据要求进行选择,通常中位数; 6:数据集里面包含的一些临床等信息; 7:表达矩阵数据。 按照上述参数设定好后,点击导出样本信息和数据矩阵,在输入数据的目录下面会生成一个文件夹如
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