要使用程序对blast结果进行解析、分析，就必须对BLAST的结果形式有深入的了解，本篇文章将向你详细说明Blast结果的数据结构，供参考。这里的指的是blast默认的结果，也是我们应用最多的结果。

一个BLAST的结果文件，大致结构如下： 每个blast结果文件都以固定的header开头，里面包含了BLAST程序名称，版本与Reference信息。接下来包含一个或多个Query，每个query包含以下内容： Query information Sequences producing significant alignments Subjects Query information是对一个query 序列的基本信息描述，Sequences producing significant alignments是对所有subjects的简要list。每个subjects是query序列在数据库中比对上的一条序列。

每个blast结果文件都以固定的header开头，里面包含了BLAST程序名称，版本与Reference信息。

blast结果解读-header

每个blast结果文件包含一个或多个Query，每个query包含以下内容： Query information Sequences producing significant alignments Subjects

blast结果解读-Query

Query information是对一个query 序列的基本信息描述。该部分包括  Name：Fasta序列对于序列描述的部分（见本文档section1.2部分说明）  Accession：接收号，或者location  Description：序列描述  Length：序列的长度  Database：用户使用的数据库信息

该处的信息是所有subjects的简要list。

blast结果解读-subjects list

每个subjects是query序列在数据库中比对上的一条序列。每个subject部分包括  Subject序列信息  一个或多个alignment

Subject序列信息包括该序列的：  Name：Fasta序列对于序列描述的部分  Accession：接收号，或者location  Description：序列描述  Length：序列的长度

BLAST-subjects

一个query序列和一个subject序列的比对结果，可能是一个或多个alignment，每个alignment包括如下信息，其中strand，frame和positives三项，随着所用blast程序的不同而有变动：  Score：281  Expect：2e-54  Percent_identity  Identities  bits ：110  Length  Mismatches= Length – Identities  Gaps：为空时，Gaps=0  Strand （blastn）  Frame （blastx，tblastn，tblastx）  Positives (blastp, blastx，tblastn，tblastx)  Query_start  Query_end  Subject _start  Subject _end

BLAST-subjects

比对结果分三个层次 Query下面有一个或者多个Subject，一个Subject下面有多个Alignments。 Query 从“Query=” 开始到下一个 “Query=”或者文件结束 Subject 从“>”开始到下一个“>”或者“Query=”或者文件结束 Alignment 从“Score =”开始到下一个“Score =”或“>”或者“Query=”或者文件结束。

BLAST-数据结构