FLASH

2024-07-16 11:05| 来源: 网络整理| 查看: 265

FLASH¶ 简介¶

FLASH是一款开源的适用于等离子物理和天体物理的磁流体动力学（MHD）模拟软件，它是由罗切斯特大学物理与天文学系Flash计算科学中心开发。其包含流体动力学（Unsplit PPM, WENO, PCM, GP; Split PPM; 2T+Radiation）、磁流体动力学（Unsplit Staggered Mesh; Split 8 wave）、扩展磁动力学（Magnetic Resistivity, Hall, Biermann Battery）、状态方程（理想气体, Degenerate电离等离子体）、辐射输运（Multigroup Flux-limited Diffusion）等物理求解器

Flash软件依赖项¶

支持Fortran 90的编译器

MPICH

HDF5串行版本

PnetCDF

Chombo

HYPRE

...

pi2.0上自定义编译FLASH¶

软件下载。FLASH软件下载需要在官网（https://flash.rochester.edu/site/flashcode）填写申请，获批后才能下载。

申请计算节点并加载模块。（本示例使用的依赖项包括：平台已编译的mpich和hdf5、需自编译的PnetCDF）

srun -p small -n 4 --pty /bin/bash module load mpich/3.4.2-gcc-9.2.0 hdf5/1.10.6-gcc-9.2.0

编译并安装PnetCDF。Flash输出文件使用并行的NetCDF格式，因此需额外编译

git clone https://github.com/Parallel-NetCDF/PnetCDF.git cd PnetCDF autoreconf -i ./configure --prefix=(path_to_installation_pnetcdf) ## 用户可以自行指定pnetcdf的安装路径，此处使用(path_to_installation_pnetcdf)替代 make -j make install

配置Flash。本文档以配置Flash，生成2D Sedov爆炸问题源代码为例

tar -xvf FLASHX.Y.tar ## 解压下载的Flash软件 cd FLASHX.Y ./setup Sedov -auto ## 使用setup脚本配置Flash

修改编译文件。配置完成后源目录下将生成object文件夹，其中包含配置Flash求解2D Sedov爆炸问题所需的流体动力学求解器、状态方程、网格单元等模块。但其中的编译文件Makefile.h为默认值，需将其中的MPI_PATH、HDF5_PATH和NCMPI_PATH变量进行修改（为便于展示，本示例只使用mpich、hdf5和pnetcdf三个依赖项）。

cd object vi Makefile.h ## 手动修改文件中的MPI_PATH、HDF5_PATH和NCMPI_PATH变量，如NCMPI_PATH=(path_to_installation_pnetcdf)，MPI_PATH和HDF5_PATH的路径可以使用env命令查看 make -j

编译结束。编译完成后将在object目录下生成名称为flash4的可执行文件

新建目录并编写以下Flash参数文件flash.par。参数文件使用官网提供示例（https://flash.rochester.edu/site/flashcode/user_support/flash4_ug_4p62/node13.html）

# runtime parameters basenm = "sedov_" lrefine_max = 5 refine_var_1 = "dens" refine_var_2 = "pres" restart = .false. checkpointFileIntervalTime = 0.01 nend = 10000 tmax = 0.05 gamma = 1.4 xl_boundary_type = "outflow" xr_boundary_type = "outflow" yl_boundary_type = "outflow" yr_boundary_type = "outflow" plot_var_1 = "dens" plot_var_2 = "temp" plot_var_3 = "pres" sim_profFileName = "/dev/null"

编写脚本。在此目录下编写以下flash.slurm脚本，其中(path_to_installation_flash)为flash安装路径，

#!/bin/bash #SBATCH --job-name=test #SBATCH --partition=cpu #SBATCH -N 1 #SBATCH --ntasks-per-node=40 #SBATCH --time=1-00:00:00 #SBATCH --output=%j.out #SBATCH --error=%j.err module purge module load mpich/3.4.2-gcc-9.2.0 hdf5/1.10.6-gcc-9.2.0 ulimit -s unlimited ulimit -l unlimited mpirun -np $SLURM_NTASKS (path_to_installation_flash)/object/flash4 -par_file flash.par

使用 sbatch 提交作业：

sbatch flash.slurm

编译结束后在当前目录下生成如下文件：

./ ├── amr_runtime_parameters.dump ├── flash.par ├── flash.slurm ├── LargestSummary.out ├── sedov.dat ├── sedov_forced_hdf5_plt_cnt_0000 ├── sedov_hdf5_chk_0000 ├── sedov_hdf5_chk_0001 ├── sedov_hdf5_chk_0002 ├── sedov_hdf5_chk_0003 ├── sedov_hdf5_chk_0004 ├── sedov_hdf5_chk_0005 ├── sedov_hdf5_plt_cnt_0000 └── sedov.log 最后更新: 2024 年 06 月 25 日

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