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用于活细胞的荧光激活细胞分选术 (FACS) 根据荧光标记将一个细胞群分为多个亚群。在流式细胞仪中，这种分选的机制相比非分选分析更为复杂。根据所染荧光团的类型，可将荧光团偶联抗体染色细胞彼此分离。例如，表达一种细胞标记物的细胞可通过识别该标记物的 FITC-偶联抗体进行检测，而表达另一种细胞标记物的细胞则可使用特异性识别该标记物的 PE-偶联抗体进行检测。这是流式细胞仪的基本功能。

更进一步的活细胞分选：