本故事的主人公，第三适格者（THIRD CHILDREN），EVA初号机的专属驾驶员碇真嗣。

他是NERV司令官碇源度的独生子，在母亲碇唯去世后便被寄养在亲戚家中。由于小时候母亲就已去世，再加上父亲的冷酷无情，内向温和的他其实是个严重自闭的孩子，他不但不擅长与人交往，而且更对自己缺乏基本的自信心。也因此，真嗣在生活中总是很在意他人的眼光，近而屈从于别人的使唤之下。

在第三使徒来袭时，真嗣受父亲召唤来到NERV成为EVA的驾驶员，之后更在第三新东京市住了下来，但由于和常年未能相处的父亲之间存在着深深的隔阂，所以借住在上司葛城美里的公寓里，并负责日常的家务。后来受到朋友东治和剑介的影响，以及明日香的出现，慢慢敞开了心扉，变得比较开朗活泼一些。平时对做家事相当拿手，在他寄居于葛城美里住处时，几乎都是靠他来操持家务。

身为EVA驾驶员，他未经过任何训练就与初号机有相当高的同步率，在歼灭使徒的各次战斗中的表现亦非常突出。 “到底是从什么时候开始的，我似乎觉得自己的身体和心灵逐渐变得支离破碎，每当有悲伤或痛苦的事情发生，我会觉得这并不是自己，会以一种事不关己的态度来看，似乎还有另一个自己……没事的，我可以撑过去的，如果将心封闭在体内的更深处，这么一来，身体的痛，心灵的痛，就连恐怖，也会在毫无知觉的情况下过去的吧……” 这是漫画版中真嗣的一段内心独白，也可以说是他心灵的真实写照。由于不能和别人正常的相处，真嗣在看待问题时总是把自己独立出来，将自己视为第三者。他口头禅“不能逃避”是全剧中给观众留下深刻印象的台词之一，然而事实正好相反，因为拙于表达，及与他人沟通的原因，真嗣在面对选择的时候往往会逃避问题，并且违抗命令。 但在另一方面，因为真嗣一直想把过去的记忆封锁起来，以及把生活中的烦恼无形化，导致在他的潜意识中存在着截然不同的另一面人格。

关于他的名字，“碇”是日语里锚的意思，EVA中主要角色名字都来源与舰船名和海事术语。