MRT安装和使用参考一下几篇文章，都写的很详细

modis数据简介及批处理工具

https://blog.csdn.net/qq_37798011/article/details/80973188

MRT(MODIS Reprojection Tool) 下载及安装教程

https://blog.csdn.net/gisboygogogo/article/details/75784080

MRT(MODIS Reprojection Tool) 提取数据

https://blog.csdn.net/gisboygogogo/article/details/79533595

MRT(MODIS Reprojection Tool)安装、影像批量拼接、重投影和格式转换

https://blog.csdn.net/suiluochenghu/article/details/79648980

PS：用户手册中也有详细的安装步骤，对于windows系统，P20-22，可以大致浏览一遍

（一）  批处理操作

P37-41 为 batch  processing options 批处理部分

（二） GUI界面操作

但是自己对参数的设置不是很了解，找了MTR User‘s Manual 用户手册看一下，简单记录下重点内容

1. 参数解释

Interfaces (交互界面)     在安装路径的bin文件夹中找到ModisTool的执行文件

File Formats(文件格式)   modis产品输入格式为HDF-EOS，输出文件格式包括二进制，HDF-EOS和GeoTIFF.

                                      一般输出数据类型和输入的类型一致。

Map Projections(地图投影)   MRT使用调用通用制图转换包进行转换

Resampling（重采样）    nearest neighbor, bilinear, cubic convolution

Mosaic Tool (镶嵌)   input files中的多幅tiles先自动镶嵌，再进行重投影

Data Conversions (基准面转换)   支持的基准面包括

                                                     北美基准面（North American datums） NAD1927和NAD1983

                                                     大地测量系统（World geodatic systems） WGS1966, WGS1972, WGS1984

Spectral subsetting   对要操作的波段进行选择

Spatial  subsetting    通过输入矩形的左上和右下两个corners来定义空间子集    【如果对整幅影像进行操作，应该不用设置】

Output Pixel Size(输出栅格大小)          由于原始modis数据的空间分辨率基于arcseconds at the equator，因此输入的像素大小                                                                 和并不是完全理想的整数  【这个在遥感数据的处理过程中很常见】

                                                           【栅格大小是一定要输入的，不然输出结果没有数值的显示】

Parameter Files (参数文件)        包括输入输出的文件名，文件类型；光谱和空间信息；输出文件的投影类型；输出投影参数；

                                                  重采样类型，输出像元大小。   保存为.prm 文件。

metadata (元数据)

Background Fill (背景填充)          如果重采样内核下的大多数值都是背景填充值，则输出一个背景填充值。否则，仅从非背景填                                                      充值执行重采样，并相应地调整内核权重。MRT读取每个输入波段的“_fillvalue”，并将该值用于                                                      输出背景填充。如果没有指定FillValue，则默认值为0。

                                                    注意：对于有些MODIS产品，填充值非常高（如65535），而不是我们常常熟悉的低值或者负                                                        值。对于这些产品，重新采样的图像中的非图像数据也将作为背景填充。这将导致围绕实际图                                                        像数据的像素非常亮，而不是预期的较暗的像素。          【需要看一下填充值在哪里找】

2.具体操作

NOTE：添加快捷方式及更改图标icon

相较于批处理，GUI操作 适合于 

1. 新手用户，或者是处理数据量不大的用户；

2. 有大量数据要处理，可以通过GUI保存参数文件，再进行后续检查、编辑等操作。

open input file  打开文件， 此时下方 input file info 会显示文件信息，要查看元数据的话，选中打开的文件，点击view metadata

selected bands: 选择要操作的波段，此处选择是NDVI波段

spatial subset:  默认情况下是对整幅数据进行处理

specify  output file  选择输出路径，经验来说，全英文路径是最不容易出错的。需要对输出文件命名，并且必须要添加后缀， 此处为.tif 后缀

output file type 和 resampling type， 输出文件类型和重采样类型，自行设置。需要注意的是，如果是分类型的图像，分类1和分类2，使用NN方式重采样，会出现等于2。需要额外判断重采样方式。

output projection type  输出文件投影类型   

本文projected coordinate system: WGS_1984_UTM_Zone_50N

选择的是UTM, 编辑的参数也比较简单。其他的投影参数设置见最下面。

输出像元大小 250        不建议将MRT输出像素大小功能用作将1,000米数据重新缩放为更高分辨率的工具。

save parameter file  保存设置文件

run   运行

如果要转换文件格式，可以进行convert format 设置

可以看到,backgroud fill 值为-3000

对于MODIS NDVI数据，一般可按照以下流程来处理：1. 去除填充值； 2.nodata 填充； 3.最大值合成； 4.裁剪； 5.*0.0001

http://www.360doc.com/content/18/0107/17/7669533_719876451.shtml

File->Open As->EOS->MODIS，选择MOD13Q1.A2014129.h28v06.005.2014147204659.hdf文件， 打开，数据分为三个数据集：NDVI（归一化植被指数）、EVI（增强型植被指数）、4波段反射率数据（绿波段、红波段、两个近红外波段）。NDVI的数据有效范围为-2000~10000之间的浮点型数据。无效值用-3000填充。（见NDVI数据产品说明）。

       注：NDVI产品波段存储的DN值是扩大了10000倍的，ENVI打开自动读取的是真实的NDVI值，即-0.2~1之间的数值，无效值是-0.3。

http://blog.sina.com.cn/s/blog_764b1e9d0102wet7.html

 投影参数

常见的可以参考  MRT工具中Output Projection Type的说明 https://wenku.baidu.com/view/da34f45da5e9856a56126083.html

其余参考用户手册附录：