R语言学习-富集分析泡泡图刚一出品，Y叔就说有硬伤。Y叔是著名富集分析软件clusterprofiler的原创，而且软件内集成dotplot,enrichmap,cnetmap (后续也实现这两个的一步出图)等画图方法，具体看这个教程http://guangchuangyu.github.io/2016/01/go-analysis-using-clusterprofiler/或Biobabble公众号。这个意见得重视，不过大夏天的，锅还是不能背着，回应下Y叔的回应。

图是ggplot2画的(散点图)，在脚本功能描述里有写。只需要在终端输入脚本的名字sp_enrichmentPlot.sh(脚本需在环境变量中)就可以看到脚本功能描述、输入文件样例、参数列表和使用例子。目前脚本的输入是不支持Windows的Excel格式的，只支持TAB分割的文本文件。之前一直在Linux下工作，文件名都不写后缀的。后来跟Windows用户打交道多，为了方便他们打开，强行加了xls后缀，这一点有误导。脚本依赖R，这是应该做一个判断和提示的。但有R却提示ggplot2包或其它包不存在，是可以用-i TRUE来自动安装包的。(最近在跟德春合作，完善包的自动检测和安装，最后一起整合在分发包。)Y叔的这两点确实戳中了当前文档信息不完善的弱点，也希望大家多反映使用过程中的问题，帮助我们改进文档。不过话说回来，如果仔细看了当前脚本的功能描述和参数提示，上点心得小白不只可以一步画图，还可以随意调整样式。

如果用clusterprofiler做富集分析，write.table输出结果，那么输入文件、R、ggplot2都有了，一步出图没有问题。(Windows下没bash？https://mp.weixin.qq.com/s/g1twNEsPWZb_tZFDyoTqVQ，看这里)Y叔说既然有了clusterprofiler，一步步在R里面做不是很好，为啥要把数据导出来？首先，转换数据、存储数据这一步是独立于作图的。图只能显示部分数据(这点Y叔也有提到，用了simplify会好些，但也还会有不少通路)，所有富集条目导出作为文章附表，以显示信息的全面和真实。其次，即便可以画出所有富集数据(用一副大图)，也会先对结果做下筛选，一些特别基础的、极父层的生物富集通路也会选择不展示，优先展示样品属性更相关的。毕竟是看在哪些通路里面富集，不是看在哪些通路里面最富集。所以需要导出数据，做下筛选，然后一步绘图。再次，不少人拿到的是已经做好的富集分析结果(可能是clusterprofiler的，也可能是其它软件的)，总不能再导入clusterprofiler绘图吧，可以有更简单的方式的。最后，一个图做出来，需要反复修改。今天用clusterprofiler做了富集分析，运用dotplot配合不同参数出了图；过几天心情一变，想换个风格了，怎么办？再运行一次clusterprofiler还是加载之前存储的.Rdata。好像都不太方便，还是用导出的文本一步出图吧。

示例图中没有overlap不是绘图脚本的问题，是数据筛选的问题。脚本如实反映筛选出的数据。如果选择的通路在一个基因集合富集，另外一个不富集，就不显示；如果选择的通路是在多个基因集中都富集的，但富集程度不同，是可以显示的;而且这些通路会优先显示在图的上部，下面我会给出例子。

说到互动，一步出图不只可以，而且还可以记录互动(给每个输出文件加个唯一的字符串做为文件名的一部分就可以了，不过这个没用到，之前就没写这个参数)。拿Y叔的数据做个例子

在样品名中包含差异基因的数目