治疗ED的主要药物是口服磷酸二酯酶抑制剂。其它药物包括前列腺素，可注射到阴茎内或插入尿道。口服磷酸二酯酶抑制剂比其它药物更常用，因为使用简单，可实现性交时的自发性。此外，会出售用于治疗ED的非处方草药制剂，但此类药物通常无效，且含有隐藏剂量的磷酸二酯酶抑制剂。隐藏磷酸二酯酶抑制剂会使患者接触可能具有副作用的药物。

口服磷酸二酯酶抑制剂（西地那非、伐地那非、阿伐那非和他达拉非）可增加进入阴茎的血流量。这些药物的原理相同，但药效持续时间、副作用、与食物的相互作用不同。他达拉非的药效持续时间比其它药物长（长达 36 小时），一些男性更青睐于此药。

大部分磷酸二酯酶抑制剂在性交前至少1小时空腹服用效果最佳。服用硝酸酯类药物的男性（最常见的是硝酸甘油，用于治疗心绞痛，但也包括娱乐性硝酸戊酯[“催情剂”]）不应该服用磷酸二酯酶抑制剂，因为二者结合会导致血压降低到危险水平。磷酸二酯酶抑制剂的其它暂时性副作用包括脸红、视力异常（包括色觉异常）和头痛。阴茎异常勃起（持续勃起）非常少见，并且可能需要紧急治疗。在极少数情况下，男性报告称服用磷酸二酯酶抑制剂后出现失明或视力丧失，但磷酸二酯酶抑制剂是否是病因尚不清楚。

前列地尔（前列腺素 PGE1）单独或与罂粟碱和酚妥拉明联合使用可使用非常细的针头直接注射到阴茎侧面，导致大多数男性出现适当勃起。可使用吸管样涂抹器将前列地尔栓剂插入尿道。这些疗法可能导致阴茎异常勃起和阴茎疼痛。就诊时，医生通常会指导患者如何自己使用药物。此后，男性可在家中自行给予这些药物。对于口服药物无效的男性，前列地尔栓剂可与口服磷酸二酯酶抑制剂配合使用。