KEGG代谢通路怎么看 |
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2 species-specificpathway 物种特有代谢通路图。绿色小框为该物种特有的基因或酶,只有这些绿色的框有更详细的信息。KEGG中名字为特定物种种属英文缩写,比如人的糖酵解通路图,hsa00010。如图: http://www.genome.jp/`KEGG`-bin/show_pathway?hsa00010 3 以ko/ec/rn开头的Reference pathway 例如同样是糖酵解代谢通路有三种类型: 1,http://www.genome.jp/`KEGG`-bin/show_pathway?ko00010 2,http://www.genome.jp/`KEGG`-bin/show_pathway?ec00010 3,http://www.genome.jp/`KEGG`-bin/show_pathway?rn00010 其中,ko通路中的节点只代表基因;ec通路中的节点只代表相关的酶;rn通路中的节点只表示该点参与的某个反应、反应物及反应类型。底色以蓝色表示。 可以看到公司用的是第一种referencepathway,也就是通用的,包含ko,ec,rn的所有信息,并在此基础上添加个性化绘图(加绿色方框表下调,红色上调这样的个性化)。 为了方便老师查找,编号都是ko+number,而不是m+number,但通路图的内容和形式其实是第一类的,因为公司给的结果中,节点包含各种信息。 到此我们了解了KEGG代谢通路的背景知识。接下来我们又该如何根据公司的项目结果,去解读KEGG代谢通路呢? 首先,一般的KEGG代谢图是长这个样子的。 相信这个,大家已经很了解,只需要知道如下内容,再加上老师的背景知识和文献阅读,基本已经可以处理大部分售后问题。 KEGG代谢通路图中的名称意义: 1. K + num:基因在KEGG数据库中的编号,注意这里的基因是一个范畴,不是特指某个物种某个ID的基因,而是一类具有同源相似序列和功能的基因。 2. ko + num:代谢通路的名称,表示一个特定的生物学途径。 3. M +num:模块名称 4. C + num:化合物名称 5. E-.-.-.-:酶名,这个可能是国际酶学委员会统一规定的编号 6. R + num:反应名称 7.RC + num:反应类型 8.RP + num:反应物质对 KEGG代谢通路图形元素意义: 资料来源: KEGG通路图应该怎么看 http://www.omicshare.com/forum/forum.php?mod=viewthread&tid=107&fromuid=8287 不一样的寻宝游戏——KEGG map http://www.omicshare.com/forum/forum.php?mod=viewthread&tid=1908&fromuid=8287 研究植物必须了解抗病机理小知识 http://www.omicshare.com/forum/forum.php?mod=viewthread&tid=269&fromuid=8287 原创:解读植物病原互作pathway http://www.omicshare.com/forum/forum.php?mod=viewthread&tid=1890&fromuid=8287 亮瞎!KEGG电路图这么画! http://www.omicshare.com/forum/forum.php?mod=viewthread&tid=277&fromuid=8287 当我们了解以上内容,就可以应对大部分情况了。嗯,当我学到这些后,信心满满地去工作了,突然有个老师给我发了一份邮件,虽然大部分问题都是常规问题,但里面其中的一个问题让我一脸懵逼。 可以看到图中:里面并没有出现方框,也就是说方框所代表的基因哪里去了?标绿的箭头是什么意思? KEGG代谢通路有三大类,分别为通用,物种特有,以及单类型通路(先姑且怎么称呼吧)。但是在这三大类的分类的基础上,KEGG代谢通路还可以分为常规图,概览图,全球图。 其中概览图和全球图是KEGG PATHWAY数据库中一组特殊的代谢途径图,呈现全球和整体新陈代谢的图片。它们用线(或箭头)代表KOs,酶,反应和个体基因的主要对象,而不是常规代谢途径图中的框。 至少目前我看到的概览图和全球图都是基础代谢合成通路上的途径,例如氨基酸合成,脂类合成和碳代谢等。 概览图:ko01230 Biosynthesis of amino acids(部分) 全球图:ko01100 Metabolic pathways 此外一些代谢通路是有图例的,这其实也算常规的代谢通路图,这是用图例去展现途径。经常是一些研究很多的重要通路,如光合作用通路。 其实以上代谢通路虽然相对特殊,但是解读的方式还是和常规的一致,具体可以看第二部分内容,他们其中一些细节上的差异,官方如下解释 其实简单来讲就是用线条和箭头代替方框来展示KO,酶和反应,基因。 某些代谢通路图中会出现红色的字体如图: 这类的功能注释都是和疾病相关。也就是说和疾病相关的ko会被标注成红色字体。KEGG代谢通路是我们组学研究的主要目标,在日常工作中,还会遇到各式各样的问题。欢迎大家进行补充和修正。返回搜狐,查看更多 |
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