鼻癌的发病原因目前并不明确，但同时认为与遗传、病毒感染、环境等多种因素相关。其中EB病毒的感染被视为主要因素，如患者在反复的抵抗力下降时发生EB病毒的增殖，这种病毒的基因转染到鼻咽细胞里，之后就可以引起鼻咽黏膜细胞的恶性转化，导致鼻咽癌。环境因素主要包括亚硝酸盐的摄入，或因为工作原因经常接触一些致癌的气体，如化工厂工人等发病率相对较高。还有一个就是遗传因素，鼻咽癌没有明显家族聚集现象以及遗传现象，但是近年来分子遗传学研究发现，鼻咽癌的发生与特定染色体基因的改变有一定关系。