分子动力学开源分析软件MDAnalysis安装介绍及使用 – 源码巴士 |
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MD Analysis安装和介绍一、MD Analysis 安装普通安装从源码安装：二、MD Analysis使用读取文件 MD Analysis (以下简称mda) 是一款分子动力学后处理代码，具有优秀的后处理函数库，高效的处理速度，可并行的计算功能。通过mda可以读取LAMMPS的单个data、连续dump轨迹文件，做一些基本结构计算不是问题。但其对dump文件的读取仅限于id, type, x, y, z这几类。对于dump的不足，本人改动了一下源文件，支持读取dump的其他列的数据信息，需要的同学可以留言或邮件([email protected])。In addition, for beginner of molecular dynamics, ASE is more suggested.一、MD Analysis 安装 MD Analysis相关网站见： 官方网站 官方文档 普通安装(1) 从pip: pip install --upgrade MDAnalysis # pip install --upgrade MDAnalysisTests # 安装测试数据(2) 从Conda: conda install -c conda-forge mdanalysis # conda update mdanalysis # 升级 # conda install -c conda-forge MDAnalysisTests # 安装测试数据 从源码安装：# git clone https://github.com/MDAnalysis/mdanalysis.git # 下载mda git clone https://gitee.com/yunai9/mdanalysis.git # 我已备份至gitee，速度更快 cd mdanalysis/package/ pip install -r requirements.txt --upgrade python setup.py install 二、MD Analysis使用mda支持二十多种文件格式，包括LAMMPS (dump, data格式)，xyz格式，CHARMM，Gromacs (xtc, trr格式)，AMBER相关格式，DL_Poly，MOL2，NAMD相关格式。而就我所知，支持的LAMMPS的dump格式中，对除了id type x y z 之外的列并不读取。之所以还要选择mda，主要是能够直接接触底层数据，并直接进行相关处理，包括近邻相关计算，结构分析等。 LAMMPS read and write info 基本使用方法： 读取文件import MDAnalysis as mda from MDAnalysis.lib import NeighborSearch u = mda.Universe('lammps.data', atom_style='id type charge x y z imx imy imz') # 选择原子种类 Type1 = u.select_atoms("type 1") # Type1原子总数 nType1 = Type1.atoms.n_atoms # 所搜Type1每个原子在截断半径2 A中的其他原子 for i in range(nType1): neAtom = ns.search(Type1.atoms[i], 2.0) # do something else # 读取lammps dump轨迹文件 u = mda.Universe('lammps.data', format='LAMMPSDUMP') # 对dump文件的每一帧进行处理 for ts in u.trajectory: # ts 中的选项和u中的选项有所区别，请注意 # do something else |
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