高通量代谢组学研究的一大难点在于数据处理和分析。对于质谱或核磁产生的海量数据需要借助于自动化的软件来进行数据分析。代谢组学全流程软件应具备完整的分析工作流程，包括数据预处理、物质鉴定、统计分析以及数据的解释与整合。本文将介绍几种应用最为广泛且功能强大的全流程软件(表1)，供大家参考。

表1. 四种全流程软件对比。

软件简介

MAVEN：MAVEN是基于现有开源软件建立的LC-MS数据分析软件，可处理MRM(multiple reaction monitoring)和高分辨的全扫描数据。软件设计目的是开发一款用于探索和验证代谢组学数据的图形用户界面，降低代谢组学分析的复杂性。该软件具有从特征值提取到代谢物通路分析及数据可视化的整个数据分析功能。同时为了便于数据验证，MAVEN 运用机器学习算法来自动评估峰值质量。

MZmine：MZmine是一款开源软件，主要处理LC-MS和GC-MS平台数据，可用于非靶向和靶向代谢组学数据分析。软件设计核心理念是将功能模块和数据处理模块严格分开，以提高软件的易用性。其中数据处理模块采用嵌入式可视化工具，实现立即预览分析结果的功能。软件新增功能：基于RANSAC算法对齐峰列表、在线数据库鉴别峰、改进的同位素模式识别以及实现数据可视化。项目管理是该软件新增的另一核心模块，用户可随时追踪并储存临时的数据分析结果。

MetaboAnalyst：MetaboAnalyst是一款完全免费的web平台代谢组学数据分析软件。软件分为八个功能模块，可归纳成三大类：