clusterProfiler是Y叔的代表作之一，是基因富集分析的不二之选，已引用3200+，网上无数教程，我也来贡献一份，写一份最通用的小白友好型的

1 GO注释

将要进行注释的基因组蛋白序列上传到eggNOG-mapper 网站，按网站提示操作，完成后下载 query_seqs.fa.emapper.annotations文件。

2 手动处理注释结果

excle中手动删除前三行带"#“的行，删除文件末尾带”#“的行; excle中手动提取query_name与GOs两列，开头的”#"去掉，另存为制表符分隔的txt文件go_files.txt。

3 处理数据为clusterProfiler要求格式

3.1 读取注释数据并进行处理，得到背景文件。clusterProfiler要求的背景文件TERM2GENE需要包含两列，第一列为GOid，第二列为基因id；我们从eggNOG下载处理后的文件，每个基因对应多个GOid，要对其进行处理。