|
2. 势函数命令在分子动力学模拟中， 粒子间的相互作用是通过势函数命令来指定的。 一般地， 原子间的势函数命令有： pair_style,pair_coeff 和 pair_modify。 而对于分子内的原子间的相互作用还需要:bond_style 和 bond_coeff 命令来确定， 这里介绍三个势函数命令即： pair_style,pair_coeff 和 pair_modify。（ 1） pair_style 命令设置了每对原子截断半径内的相互作用的势函数类型。 这种势函数所定义的原子间的相互作用是随时间变化的，与此对应的 bond_style 所设置的原子间的相互作用一般不随时间变化。 在 LAMMPS 中， 一些多体势也归类为对势， 例如 EAM,Stillinger-Weber,Tersoff,REBO 等。 因为这些势函数所定义的原子间相互作用也是随时间变化的。 使用 hybrid 类型的势函数可以定义不同类型的原子以不同的势函数相互作用。 势函数的具体类型确定后， 不同类型原子的势函数的具体参数由 pair_coeff 命令设置，也可以由 read_data 命令和read_restart 命令进行文件读入。pari_style 命令一般会设置一个全局的截断半径， 全局的截断半径是可以被pair_coeff 命令中的截断半径重新覆盖的。 一般地， 在一个 in 文件里重新使用pair_style 会抹去之前设置的所有 pair_style 和 pair_coeff 命令， 除了对于pair_styletable 和 hybrid 的设置。以下是所有 pair_style 可选类型的概述： pair_style none:关闭势函数相互作用。 pair_style hybrid:多种类型的势函数。 pair_style hybrid/overlay： 多种可叠加的势函数。 pair_style zero： 建立邻域列表但是没有相互作用。 pair_style adp： Mishin 依赖键角的势函数。 pair_style airebo： Stuart 的 AIREBO 势函数， 常用于描述碳体系。 pair_style airebo/morse： 利用 Morse 代替 LJ 势的 AIREBO 势函数。 pair_style beck： Beck 势， 最初用于模拟氦气。 pair_style body:体类型粒子间的相互作用。 pair_style bop： 基于量子力学计算 sigma 和 pi 键的键序势。 pair_style born:Born-Mayer-Huggins 势函数。 pair_style brownian:Brownian 势函数用于FLD(FastLubricationDynamics)。 pair_style buck:Buckingham 势函数。 LJ 势函数的变形。 pair_style colloid： 整合的胶体势， 描述颗粒与溶剂体系。 pair_style comb： 优化电荷作用的多体势。 pair_style coul/cut:截断库伦势。 pair_style dpd:耗散粒子动力学。 pair_style dsmc:直接模拟蒙特卡洛方法计算粒子碰撞。 pair_style eam： 嵌入原子势。 pair_style eim： 嵌入离子势。 pair_style gauss： 势函数的表达式具有 Gaussian 函数的形式。 pair_gayberne： 考虑各向异性的 LJ 势。 pair_style kim： KIM 项目势函数接口。 pair_style lcbop:长程键序势函数。 pair_style line/lj:线段类型粒子的 LJ 势函数。 pair_style lj/charmm:CHARMM 力场势函数。 pair_style lj/class2： COMPASS 力场势函数。 pair_style lj/cut:截断的 LJ 势 pair_style lj/expand： 扩展 LJ 势函数， 粒子半径可以为变量。 pair_style lj/gromacs： GROMACS 型 LJ 势。 pair_style lj/long： 长程 LJ 势。 pair_style lj96/cut:LJ9/6 势函数。 pair_style lubricate： 单一粒子弥散的液体润滑力计算。 pair_style meam:修改的嵌入原子势。 pair_style mie/cut： Mie 势函数。 pair_style morse： Morse 势函数。 pair_style nb3b/harmonic： 非键合三体简谐势函数。 pair_style nm/cut： N-M 势函数， 主要用于离子溶液。 pair_style peri:用于细观力学中的势函数计算。 pair_style polymorphic： 自定义自由形式的三体势函数。 pair_style reax:反应力场势函数。 pair_style rebo： Brenner 第二代 REBO 势函数。 pair_style resquared:Everaers 二次椭球势函数。 pair_style snap： 量子精度的谱分析邻域势函数。 pair_style soft： 余弦形式的软化势函数用于分开重叠的原子。 pair_style sw： Stillinger-Weber 三体势。 pair_style table:创建势能表。 pair_style tersoff： Tersoff 三体势。 pair_style tip4p/cut： 用于 TIP4P 水分子模型的库伦势。 pair_style tri/lj:三角形间的 LJ 势函数。 pair_style vashishta： Vashishta 二体或三体势。 pair_style yukawa： Yukawa 势函数。 pair_style zbl： Ziegler-Biersack-Littmark 势函数， 用于屏蔽核排斥的高能原子碰撞模拟。注意： 在以上概述的势函数中， 大部分在使用的时候需要特殊的功能包， 在编译 LAMMPS 时需要加入相应的扩展包之后才能使用。
|