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MS中建模的基本原则 代表性——抓住研究对象得关键特点,简化而不失真 可用性——尺寸适中、计算量可接受,算得动 2、分子模型绘制方法(第二讲)有机物1 链状结构
苯环Kekule式与共振式互相转换:Build->Bonds-> 1 对称信息:即空间群; 一共有230个空间群; 2 晶格常数:3个晶格长度参数+3个晶格角度参数,共6个; 3 晶胞中原子的种类及其三维坐标 3.2 如何获得这些必须的信息(常用数据库 网站 软件) 1 手动建模 查询相关信息(Findit): 建立晶胞: Build->Crystals->Build crystal... 加入原子:Build->Add atoms 2 导入cif格式文件(路径不可含有中文字符)有些cif格式导入的模型有误,需要仔细核查。(空间群及晶格常数等信息) 4、 溶液模型的构建(第四讲) 4.1 晶胞模型的分类1 画出溶液中各组分的分子、离子模型,并设置号力场和电荷 2 获取溶液的密度、浓度信息,计算出溶液中各组分的摩尔比 3 使用AC模块建模 4.3 实例演示1、注意:构建盒子的大小应要大于25A!!!(盒子大小应大于后续计算时,范德华力的截断半径的两倍,常用的截断半径为12.5A) 2、把力场设置为COMPASSII 3、在“More”里,把两个勾选去掉(和离子及分子建模时操作一致) 4、改“charges”为"use current" 5、可以修改Job description. 最终建立的模型具有“晶格线”,其具有一定的周期性。 ![]() 注:AC模块建模后形成的.xtd文件时轨迹文件,不能在直接使用改模型进行几何优化、退火、动力学计算等操作,需要把其中的某一帧复制到新的.xsd模型中,才能进行后续的操作。 画出重复单元结构,并选中与C相连的一个H原子。 “Build”->"repeat unit” 选中“Head Atom” 选中“Tail atom” “Build”->"Homopolymer” 修改“Library”、“repeat unit”等选项 1、先构建两种重复单元 2、将两种重复单元进行连接 分别导入两种重复单元: 修改相关选项: reactivity和Force concentration(严格按照聚合度比例进行建模) Chain length:两种重复单元的聚合度总和。 在“Reactivity Ratios”中修改两种重复单元的比例->最后点击Build。 在Display style 里面把聚合骨架的颜色(粉色)修改为正常的元素颜色。 1、建模并设置力场(可以在AC模块里的More选项卡中设置,也可以在forsite里设置,同离子建模步骤) 2、AC建模 修改CHarges:Use current 在“setup”模块中修改密度(常用密度)、构型个数(自定义)、及模型中包含的有机物链数(自定义)。 构建“Confined layer”直接在“Task”处修改即可。 在AC建模完成后,可以在“energy”文件中查看能量最低的构型在第几帧!!! 第七帧的能量最低。 在"currentFrame"中将1改为7。 新建.xsd文件,将能量最低的轨迹文件第七帧复制进去,成为最终选择的模型。 两种建模的区别:普通AC建模和Confined layer建模 左:普通AC建模,在各个方向上均有原子在晶格外面。 右:confined layer建模在Z轴方向上与原子在晶格内。 左:用confined layer模型建模。右:用普通AC模块建模 总结:跟界面相关的模拟,最好用“confined layer”进行建模!!! 金属-液体模型: 1、构建两个层状模型。 2、进行拼接 Build->Build layers 设定选定layer1和layer2的模型文件 可以再溶液盒子上加真空层,以A为单位,在这里加了20A的真空层。 选定模型的大小基准 |
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