作为Cytus一代的续作，二代继承了一代的三种传统音符形式（点、按、滑），并加入了新的音符形式：

并非所有CHAOS谱都有Flick，如Green Hope CHAOS难度。

二代的锁链可以真正地跨屏滑动，而不是像一代会在两屏分界处拆开，甚至还利用超高扫描线速度制造出像Brain Power那种需要横着滑的锁链。 和一代一样，游戏开始前可以选择音符的出现方式以及是否开启Key音（安卓、苹果都有），并且可以在解锁之后切换Cytus初代和Cytus II的皮肤。 但二代音符出现方式只有Default、Grouped两种。 和一代相比，二代还可以在设置中选择音符大小，有小中大三种尺寸可供选择。手机党可以试试最大note，效果更佳（逃走） 为便于区分，扫描线向上和向下运动时的单点/轻滑/锁链判定点/长条Note颜色以不同的颜色表示，其中单点/轻滑的颜色相同，而跨屏长条没有颜色区分。然而在Cytus初代皮肤下什么看着都差不多，密集区很容易就会脑子短路，建议换Note颜色的同时把背景换成白色（ 二代中的扫描线还会出现变速。扫描线变速主要出现在CHAOS难度。但需要注意，不是所有CHAOS谱面的扫描线都会出现变速（如KANATA、FREEDOM DiVE的CHAOS谱无变速）；扫描线变速的谱面也不限于CHAOS难度（如Sdorica The Story Unfolds等自带变速的曲目则是三个难度都有变速）。 变速可以发生在扫描线位于任意位置时，并且线速可以瞬间降为0或者极高（如Gravity（Glitch）的判定线瞬移），所以可创造出骤停以及突然逆向的谱面效果。（如V.就很好的利用了变速的机制）官谱逐渐自制化 v3.8更新后出现了全游戏目前唯一一张扫描线会倒退和界面会glitch化的谱面----Who Am I?[Glitch] 和一代不同的是，游戏教程在二代直接和第一次进入游戏的开场动画融合在一起了（但在游戏中也可以随时进入新手教程）。现在我们完成了新手教程，来试试一些简单的曲目吧——CODENAME:GAMMA［CRASH］

截止4.9版本，Cytus II总共有六个不同的难度：EASY、HARD、CHAOS、GLITCH，CRASH、DREAM和DROP。后面五个是游戏新引入的难度。

Cytus II拥有众多谱面，可以让不同的玩家使用不同的技术游玩不同的谱面，务求让每位玩家对每个各自的谱面拥有不同的感受。

前四种难度是每个谱面的一般分类，并由1-15数字系统进一步定义：EASY难度等级为1-6，HARD难度等级为4-10，CHAOS难度等级为8-15，GLITCH难度等级为12-15。

很明显，DREAM/DROP难度虽然不是纯粹的Cytus玩法，但也有8-15的难度等级显示。

虽然社区一直认为数字系统均应该扩展到15级以上，但由于随着部分歌曲的GLITCH难度的引入，故而15级谱面的实际难度变化比其表面上的定数变得更大。

CRASH难度则用罗马字母来命名难度等级, 但没有说明各个罗马字母所代表的难度。

判定共分以下5种，不同的音符对应的动画也不一样：

每首歌曲结束后会在结算页面分别显示：

结算中的三大系统均是从一代沿袭而来的，但不同的有以下几点：

目前Cytus II中所有谱面都已有人达成TP100。