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cytoscape中文手册推荐（配视频）
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刷朋友圈看到了一个《Cytoscape 3.10.0 用户手册》，在线阅读链接是 https://cytoscape.leovan.tech/ ，不喜欢看英文的小伙伴可以读一下：  不喜欢看英文的小伙伴可以读一下 我们之前也有过一个专辑：《cytoscape十大插件》，详见：cytoscape十大插件之九 - 转录调控王者 iRegulon，而且在b站有配套视频操作演示，可以任意快进快退的学习它。  配套视频操作演示 Cytoscape是一个广泛用于生物信息学和系统生物学研究的开源软件工具，用于可视化、分析和解释生物网络数据。以下是Cytoscape的一些常见用法： 网络可视化： Cytoscape主要用于可视化生物网络，例如蛋白质相互作用网络、代谢网络、基因调控网络等。用户可以通过导入网络数据文件（如SIF、XGMML等格式）来构建和展示网络图。网络中的节点代表生物分子（如基因、蛋白质等），边代表它们之间的关系（如相互作用、调控等）。用户可以自定义节点和边的样式、颜色、标签等，以便更好地展示网络结构和功能。网络分析： Cytoscape提供了许多网络分析工具，用于探索网络的拓扑结构、关键节点、社区结构等。用户可以计算节点的度中心性、介数中心性、紧密中心性等指标，以评估节点在网络中的重要性。此外，Cytoscape还支持网络布局算法，以便在图上更好地分布节点，从而更清晰地展示网络拓扑。数据整合： 用户可以将其他生物信息学数据集与网络数据集整合，以便在网络上显示附加信息。例如，可以将基因表达数据、蛋白质功能注释等与网络节点关联起来，从而在网络图上展示多维度的信息。模块和通路分析： Cytoscape允许用户通过插件扩展功能，以进行更高级的分析，如寻找网络中的功能模块、通路分析等。这些插件可以帮助用户识别网络中的相关节点子集，从而更好地理解生物学过程。网络互动和分享： Cytoscape允许用户对网络图进行交互操作，如放大、缩小、拖动节点等。用户还可以保存网络图为图像或特定格式的文件，以便与同事共享研究结果。插件支持： Cytoscape具有丰富的插件生态系统，用户可以根据需要选择和安装插件，以扩展Cytoscape的功能。这些插件可以提供各种高级分析工具、网络布局算法、数据导入导出功能等。总之，Cytoscape是一个强大的工具，用于探索、可视化和分析生物网络数据，有助于生物信息学研究人员更好地理解生物体系的复杂性和相互作用。 而且Cytoscape有与R语言集成的接口，称为RCy3。使用RCy3，你可以在R中与Cytoscape进行交互，执行网络分析、可视化等操作。以下是一个简单的示范代码，展示如何使用RCy3在R中创建一个简单的网络图： 首先，你需要在R中安装RCy3包。可以使用以下命令： install.packages("RCy3")然后，你可以使用以下示范代码来创建一个包含几个节点和边的简单网络图，并将它传递给Cytoscape进行可视化： library(RCy3) # 创建一个Cytoscape会话 cy |
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