R语言实战临床预测模型

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R语言实战临床预测模型

2024-07-09 23:16| 来源: 网络整理| 查看: 265

24  bootstrap ROC/AUC

前段时间有群友问有没有bootstrap ROC的代码,当时没有,但是实现起来很简单,今天给大家介绍4种方法。

这几种都是通用的方法,包括但不限于单纯二分类数据的bootstrap ROC/AUC及可信区间,模型内部验证/外部验证获取的各种指标的bootstrap可信区间(或ROC/AUC)

在演示前,先说一下这个bootstrap ROC/AUC的思路。首先你要知道什么是bootstrap,然后你要知道在R中如何绘制ROC曲线。

假如是做1000次bootstrap,那就会得到1000个自助集,在每一个自助集都进行1次ROC分析并绘制1条ROC曲线,获取1个AUC值,把这1000条ROC曲线画在一起,就是bootstrap ROC了,通过这1000个AUC就可以计算AUC的置信区间了。

思路清晰,下面就是找工具实现。我选择R。

演示数据使用aSAH数据集,这是一个动脉瘤性蛛网膜下腔出血的数据集,一共113行,7列。其中:

gos6:格拉斯哥量表评分 outcome:结果变量 gender:性别 age:年龄 wfns:世界神经外科医师联合会公认的神经学量表评分 s100b:生物标志物 ndka:生物标志物 data("aSAH",package = "pROC") str(aSAH) ## 'data.frame': 113 obs. of 7 variables: ## $ gos6 : Ord.factor w/ 5 levels "1"


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