如下图，希望将A链和C链染成橙色，而B和D则染为红色。（首先show_as cartoon只显示蛋白质的卡通结构）

由于之前我进行了show_as cartoon操作，只展示了蛋白质大分子，而配体小分子被隐去了，可以用下面的代码显示出小分子的棍棒结构：

然后我想将小分子中的N原子、O原子等染成其他颜色，而碳原子保持不变，就可以：

因为这个蛋白(PDBid：1a00)的小分子配体是HEM，resn（残基名称）就是HEM

我想以A链的HEM小分子为中心视角，可以这么做：

如果要进行多次这样的操作，可以将所有的命令存在一个文本文档中，下次打开pymol的时候直接一次性粘贴输入所有的命令即可！

或者将一行一行的命令直接保存为pml格式的脚本：

让我们来看下面这个pml文件脚本：

在终端执行：

会蹦出pymol的窗口，然后就可以看到已经执行完毕：

也可使用python的 pymol API（cmd），在python文件中执行代码：

和.pml脚本的效果是一样的！

所有的pymol指令都可以在python中使用API“cmd”来实现！官网有介绍：PyMOL Command Reference

而甚至有些操作只有用python API 可以代码实现，而在pymol程序的命令行中不能实现，如下：

为什么要使用python的API？因为有的大项目中会使用到pymol，例如获取原子坐标。此时直接在python的脚本里使用cmd执行pymol会更方便。